第二，氣體種類過窄，第一期、第二期歐盟排放交易機制僅覆蓋二氧化碳，對于其他溫室氣體，比如甲烷、氧化亞氮等并沒有正式納入，而實際上這些氣體排放總量占到總體排放的20%之多。
第三，行業覆蓋不足，歐盟排放交易機制在第一階段僅覆蓋了45%二氧化
碳排放量，許多二氧化碳排放量大的行業并沒有被納入控排行列，到了第二階段，歐盟才開始逐步增加所覆蓋的行業。
易碳家
第四，免費配額過多，第一期與第二期免費配額的比例分別為95%及90%，而通過拍賣分配的配額在第一期不足0.2%，第二期也僅為3%左右，過多的免費配額為碳
排放權市場的發展產生了一定負面影響，使交易體系效率下降。
第五，“祖父規則”
問題，污染者主要根據歷史排放情況獲得免費排放權，也就是說污染越大的企業反而能夠獲得更多的免費配額，這變相獎勵了排放量大的企業，卻懲罰了本該受到獎勵的采取有效措施減排的企業。
易碳家
第六，配額抵消過多，歐盟排放權交易機制允許使用清潔發展機制和聯合履約機制產生的信用（credit）來抵銷排放。歐盟使用清潔發展機制和聯合履約機制的總量最多為減排努力（ReductionEffort）的50%，規定第二期每個排放設施使用補償信用的數量不低于其配額的10%。
