就核查機(jī)構(gòu)而言，大部分試點(diǎn)通過(guò)政府出資，為企業(yè)分配相應(yīng)的核查機(jī)構(gòu)。這樣的方式在碳市場(chǎng)初期能降低企業(yè)的參與成本，提高企業(yè)參與碳市場(chǎng)的積極性，同時(shí)也避免了企業(yè)和核查機(jī)構(gòu)的利益關(guān)聯(lián)，保證核查的客觀、獨(dú)立和公正。而深圳則率先采取了企業(yè)出資，自主選擇核查機(jī)構(gòu)的方式，北京在2015年也采取了該方式分配核查機(jī)構(gòu)。企業(yè)出資自主選擇核查機(jī)構(gòu)的方式也是EU ETS等碳排放權(quán)交易體系采取的方式。在這種方式下，核查機(jī)構(gòu)的核查能力、報(bào)告質(zhì)量、數(shù)據(jù)準(zhǔn)確性將是核心競(jìng)爭(zhēng)要素，是碳排放權(quán)交易向市場(chǎng)化邁進(jìn)的重要一步。這種方式有助于核查機(jī)構(gòu)的良性競(jìng)爭(zhēng)，促進(jìn)其業(yè)務(wù)水平的提高，但由于核查機(jī)構(gòu)較多，也容易出現(xiàn)核查機(jī)構(gòu)間的惡性競(jìng)爭(zhēng)、標(biāo)準(zhǔn)難以統(tǒng)一等問(wèn)題。為此，北京和深圳對(duì)核查機(jī)構(gòu)進(jìn)行了嚴(yán)格規(guī)范。