其次，早期減排行動未被考慮，導致“劣幣驅逐良幣”。在中央財經大學能源與金融研究中心組織的一次企業調研中，被調研的許多國有企業和外資企業，在“十一五”和“十二五”期間已經進行了較多的節能改造活動，進一步減排的空間相對較小，成本較高。這些早期的貢獻并未在配額分配方案中考慮，使其獲得較少的配額。同時，一些環保類項目能耗較高，導致當前排放增加，與碳減排政策產生了一定的沖突，也制造了一定的不公平性。  

此外，企業檢修、事故意外等突發情況未被考慮。大部分生產型企業每兩三年進行一次大規模檢修，檢修時間為1~3個月不等。而如果采用歷史法計算平均值時，若未將其剔除，使得配額分配過少。此外涉及能源安全的行業，如石化等，會面臨政府安排的計劃外生產任務，使得企業面臨額外的排放成本。  

歷史法雖然提高了監測報告核查體系（MRV）的運行效率，降低了初始成本，但是帶來了顯著的公平問題，極大增加了市場運行成本。這些公平問題一方面是由于經濟周期等外部客觀因素造成的，另一方面則是因為MRV方法學體系缺乏自我糾錯機制，無法適應復雜的企業狀況。不合理的分配結果貢獻了市場上的部分交易量，個別企業甚至抱怨其交易活動完全是由于分配不合理造成的。