第一，配額總量寬松，由于歐盟實施“國家分配計劃（NAPs）”，給予各成員國溫室氣體減排責任總量的設定主權，然而各國利用NAPs制度來保護本國相關產業利益，最終導致配額超量，完全違背了該制度的初衷。

　　第二，氣體種類過窄，第一期、第二期歐盟排放交易機制僅覆蓋二氧化碳，對于其他溫室氣體，比如甲烷、氧化亞氮等并沒有正式納入，而實際上這些氣體排放總量占到總體排放的20%之多。

　　第三，行業覆蓋不足，歐盟排放交易機制在第一階段僅覆蓋了45%二氧化碳排放量，許多二氧化碳排放量大的行業并沒有被納入控排行列，到了第二階段，歐盟才開始逐步增加所覆蓋的行業。

　　第四，免費配額過多，第一期與第二期免費配額的比例分別為95%及90%，而通過拍賣分配的配額在第一期不足0.2%，第二期也僅為3%左右，過多的免費配額為碳排放權市場的發展產生了一定負面影響，使交易體系效率下降。

　　第五，“祖父規則”問題，污染者主要根據歷史排放情況獲得免費排放權，也就是說污染越大的企業反而能夠獲得更多的免費配額，這變相獎勵了排放量大的企業，卻懲罰了本該受到獎勵的采取有效措施減排的企業。

　　第六，配額抵消過多，歐盟排放權交易機制允許使用清潔發展機制和聯合履約機制產生的信用（credit）來抵銷排放。歐盟使用清潔發展機制和聯合履約機制的總量最多為減排努力（ReductionEffort）的50%，規定第二期每個排放設施使用補償信用的數量不低于其配額的10%。

　　基于前兩期運行中暴露的問題、缺陷和實踐經驗，歐盟委員會對碳排放交易體系第三期的制度進行了大幅度的修訂。一是取消NAPs，將排放控制總量設定權力統一到歐盟委員會層面；二是擴大覆蓋氣體及行業，新納入的行業使覆蓋的溫室氣體種類從二氧化碳擴大到氧化亞氮和全氟化碳，覆蓋的排放量增加約1億噸，約為第二期配額的4.6%；三是增加拍賣比例，規定至少有50%的配額必須通過拍賣方式進行發放，且根據行業進行了細分設置；四是擴大基準法使用，消除歷史法導致的市場不公平，確保配額分配能夠激勵企業節能減排的推進；五是限制抵消比例，在第二期14億噸限量的基礎上，第三期僅可增加3億噸減排信用。

　　歐盟在進行了第三期制度修訂之后，極大提升了機制的公平、透明和有效性，提高了氣候政策目標實現的可能性并有效促進了低碳技術革新，這對于我國目前碳排放權市場的發展具有極大的借鑒作用。從目前我國情況來看，亦存在各試點自行決定配額分配、隔離運行、配額總量過多及免費為主等問題，未來隨著市場的發展，或需要重大的制度改革才能吸引機構進入，壯大市場。 

圖為碳排放權交易分類