財稅體制重大改革總體上將對環境保護機制、體制、制度完善起到積極作用，對未來環境保護工作持續產生利好影響。但近期財稅體制改革的動向、具體操作等尤其應該引起注意，在環保投融資機制不健全、全面改革尚未完全到位時，近期財稅體制一些具體做法將對環保投資和環保部門經費保障產生“陣痛”影響不容忽視，部分環保投資穩定的來源渠道將進一步喪失，基層政府環保支出和環保部門經費將受到較大的沖擊，環境監管能力建設資金日益缺乏保障。

一是財政轉移支付制度改革將影響政府環保支出的保障能力。財政轉移支付制度改革將波及近一半的中央政府環保支出，中央和省級專項的帶動性和針對性受到影響，最重要的是有可能被基層和財政保障情況較差的地區“統籌”用于其他經濟社會事務。近年來，中央財政專項轉移支付占中央政府環保支出的比例達到50%左右。不少省份近年來主要是通過應急式的專項資金固化為主要的投資渠道，從而擴大政府環保支出，這對于帶動地方和社會投資，針對性地解決重大環境問題起到了積極作用。隨著專項轉移支付壓縮整合與一般性轉移支付的強化，若無約束性的支出政策制度規定，將使國家和各省環境保護專項定向投入受到較大影響，難以保證資金用于地方環境保護事務，對國家大氣、水、土壤、重金屬等規劃、計劃實施投入保障存在不確定性，治污投入極有可能被“統籌”、“整合”降下去。

二是排污費改稅將改變目前地方環保支出格局。調查表明，環境保護費改稅將使近三成的政府環保投資、近四成的基層政府環保支出和部門經費、七成多的能力建設資金受到影響，需要切實先行解決環保投資和部門經費保障的財政預算“硬”約束問題。排污費每年穩定提供100億元左右的治污資金，占政府環保投資的24%左右，提供30%左右的環保系統經費來源和支出，尤其特別需要指出的是，排污費提供了全國縣級環保經費的40%、全國監察執法系統經費的40%、中部地區環保系統經費的40%，全國能力建設投資的77%。若僅原則規定原由排污費安排的支出納入財政預算安排，缺乏必要的保障和具體的實施細則，費改稅將打破基層環保部門經費和環保投資或明或暗的“以收定支”、“總量平衡”的傳統格局，財力薄弱地區政府環保支出和部門經費難以保障，尤其是編制外人員的經費將面臨失去保障的嚴峻問題。特別是營業稅改增值稅后，一段時間內地方自主收入會有一定程度的降低，在地方稅種改革尚未完全到位時，環境保護投資尤其是政府環保投資很可能會降低，相當多地方“吃飯財政”可能不得不壓縮環保支出。

三是運用政府和社會資本合作與環境污染第三方治理將進一步強化社會資本投入。政府和社會資本合作模式（簡稱PPP）作為投融資模式的重大創新與項目管理方式的重大轉變，運用PPP模式已成為加強公共產品和服務供給質量與效率的重要途徑，國家先后出臺數十項政策文件，明確在包括環境保護等在內的相關領域積極引入社會資本，推廣PPP模式。為落實《水污染防治行動計劃》，財政部、環境保護部制定出臺《關于推進水污染防治領域政府和社會資本合作的實施意見》（財建[2015]90號），積極引入社會資本投入水污染防治領域。《中共中央關于全面深化改革若干重大問題的決定》明確提出了推行環境污染第三方治理。2014年12月27日，國務院辦公廳以國辦發〔2014〕69號印發《關于推行環境污染第三方治理的意見》。在環境保護領域積極推進PPP模式和環境污染第三方治理，將有利于環境保護市場的進一步開放，促進社會資本的投入，環境保護投資渠道將進一步拓寬。

四是推行環境績效合同服務將更加注重資金投入效果。國務院印發的《水污染防治行動計劃》明確提出了采取環境績效合同服務、授予開發經營權益等方式,鼓勵社會資本加大水環境保護投入。在政府和社會資本合作模式中，也將逐步建立基于效果的付費體系。推行環境績效合同服務，強化資金投入效果是順應環境管理戰略轉型的需要，是實現環境質量改善為核心的重要舉措。資金投入的績效也將逐步與財政資金分配、政府付費等掛鉤，將推進環境保護投資從規模型向效益型轉變，環境保護項目重投資、輕效益的現象也將得到一定的改觀。