一種制度的好壞，我們主要從政策的有效性，減排成本的可知性，管理成本，政治上的可接受性，社會的公平性等幾個方面來比較。

在有效性角度上，英國經濟學家Pearce認為，通過征收碳稅提高產碳產品價格，會使私人成本增加。經濟主體會千方百計地尋求降低生產成本的方法，這從客觀上促進綠色節能技術的產生，從而有效地減少二氧化碳的排放。當然，征稅不可避免地會產生無謂損失，如果碳稅采取專款專用的使用方法，即把所取的碳稅收入作為企業提高生產技術的補貼，那么無謂損失大大將會減少。此外考慮到原來碳排放企業的生產外部性，碳稅有利于價格信號正確地反應生產成本，促進市場資源的配置，提高經濟效率。

同樣，碳交易也具有相當好的效果。根據科斯定理，當各方能夠無成本地討價還價并對大家都有利時，無論產權是如何界定的，最終結果將是有效率的。因此，只要排放權初始的分配方式確定，則各企業通過市場交易，利用價格體系的機能，可以促使污染外部成本內部化，以達到最適當的二氧化碳排放水平。與碳稅的稅率由政府所制定不同，碳交易價格由市場決定，理論上，后者靈敏度更大，效率更高。

減排成本的可知性決定了經濟主體的遵從成本。在成本可知或可預測時，經濟主體就能夠合理地安排其生產并優化其投資決策，反之，企業因為顧慮，會選擇一些次優方案，從而加大整個經濟運行的成本。一般認為，碳稅是達到既定成本最小的減排政策工具。因為碳稅具有固定性和法律性，企業可以根據碳稅制度，依照自身情況選擇最優的減排路徑。而碳交易中排放價格由于市場原因，會有較大的波動性，這樣會增加企業的遵從成本。而減少此波動性，只能依靠市場制度的完善和市場主體自身意識的提高，故碳交易的減排成本有較大的不確定性。

各國碳稅的征收一般是依據各國稅制自身的體系，比如可以利用消費稅體系，在石化能源的產生環節，進口環節征收消費稅。因此碳稅實際就是增加消費稅的稅目，并調整相應稅目的稅率，碳稅的管理成本較低。而對于碳排放交易來說，初始排放權的分配，由于各方利益的博弈，需要經過一個較長時期的談判，且還需要建立相應的排放權交易市場以及建立參與企業能源使用的報告機制、監控機制與懲罰機制，這些都需要較大的額外管理成本。不過也正是因為碳市場的建立，產生了一個新的行業，增加了較多的就業崗位，創造出巨大的經濟價值，結果管理成本與經濟效益一起遞增。從這個角度來看，管理成本的提高并不意味著有較大的劣勢。

政治上的可接受性主要從兩個方面加以考慮：第一，政策引起的分配效應是否損害了很多我們認為不能損害的那部分人的利益，比如低收入者；第二，是否會損害那些有較強政治談判能力的人的利益。在分析政治上可接受性時我們有必要將政策區分為兩種類型，一種是推動型政策，比如稅收、行政指令標準等；另一種時拉動型政策，比如一般很受歡迎的財政補貼。拉動型政策是非常受歡迎的，在實施的過程中往往受到的阻力較少，推動型政策往往要受到各方面的阻礙。

碳稅本身的累退性是推行實施阻力大的原因之一。此外，在不同類型企業之間的分配方面，稅負主要集中在能源密集型企業。由于碳稅相比無償配給的排放權交易制度和行政指令標準，多了一塊可利用的碳稅收入，碳稅制度可以通過其收入的運用來增加其政治上的可行性，可以用碳稅收入來彌補對低收入者的負面影響。也可以通過補貼，促進企業、居民進行減排投資和減排技術的改進等等。而對于碳交易制度，則要分兩方面討論。如果采用初始排放權免費配給制度，則往往會得到企業的支持，而這些企業往往是強勢的主體，在政治上具有較強的可行性。不過這從公平性上是站不住腳的，因為它把有價值的排放權免費的交給企業，等于將全社會的收入免費送給了這些排放大戶。如果采用拍賣的方式獲得初始排放權，這相當于提高了企業的生產成本（實際上是私人成本向社會成本靠攏），則企業的支持度或者說政治上的可行性就不會這么高了。

從公平性角度看，稅收是優選的政策。如果采用初始排放權免費配給制度，像上文所述，它相當于將全社會的收入免費送給這些排放企業，這不可避免地會產生尋租的問題。這樣一方面有關系的企業往往會先得到配額，而沒有關系的企業則要加大公關投入，會加重企業的額外負擔，造成企業之間競爭的不公平。另一方面，這會強化政府在市場有效運行領域的行政干預，不利于經濟市場化改革完善，且容易滋生腐敗，與現在提倡建立廉潔高效的政府不符。

如果采用拍賣等方式將排放權賣給企業，這樣操作就有較大的公開透明性，即起碼在操作層面上能夠保證公平。由于產品在市場上流通，購買產品的人都會承擔部分成本，確保中高收入者的公平性。這樣會損害低收入者的公平性，故可將拍賣排放權所取得的收入以福利的形式分給低收入者。如果采用碳稅，則與初始排放權拍賣的排放權交易制度類似，但是碳稅本身被認為累退性比較大，故公平性不及前者。