碳排放交易體系最早起源于美國人在解決環(huán)境污染問題上的一個制度創(chuàng)新——排污權(quán)交易。在1997年底的氣候談判中，也正是由于美國的主導(dǎo)，排放交易才得以被納入《京都議定書》框架中。此后，由于2001年美國宣布退出《京都議定書》，歐洲接過國際氣候行動的領(lǐng)導(dǎo)者角色，排放交易逐漸成為歐盟各成員國的共識，并很快成為歐盟應(yīng)對氣候變化不可或缺的重要政策工具和各成員國履行《京都議定書》減排承諾的最主要手段。排放交易體系得以在歐洲施行還要歸因于20世紀(jì)90年代歐盟委員會始終未能就在歐盟范圍內(nèi)實施碳稅制度達成一致共識。盡管碳稅曾是歐洲減排策略的“第一選擇”，并且在當(dāng)時得到了環(huán)境經(jīng)濟學(xué)家的廣泛支持，但在政策博弈和利益相關(guān)者游說的過程中它還是漸漸被各種冷漠、遲疑、擔(dān)憂和反對的聲音所淹沒，最后被放棄。
根據(jù)《京都議定書》中8%的減排承諾目標(biāo)，歐盟15個成員國在1998年6月達成了一項《負(fù)擔(dān)分?jǐn)倕f(xié)議》（Burden Sharing Agreement，BSA），同月，歐盟委員會發(fā)布題為《氣候變化：后京都時代的歐盟戰(zhàn)略》的報告，提出應(yīng)該在2005年前建立歐盟內(nèi)部排放交易體系。2003年10月25日，2003／87／EC排放交易指令正式生效，宣布EUETS從2005年1月1日開始正式運行，世界上最大的跨國家、跨行業(yè)溫室氣體排放交易體系由此建立，目前規(guī)定了三個實施階段。
第一階段從2005年到2007年，是試驗性階段，主要目的是“在行動中學(xué)習(xí)”（Learning by Doing），為關(guān)鍵的下一階段積累經(jīng)驗，進行必要準(zhǔn)備。該階段限排的行業(yè)主要是能源生產(chǎn)行業(yè)和能源密集型行業(yè)，涉及五個部門，即能源供應(yīng)（包括
電力、供暖和蒸汽生產(chǎn)）、石油提煉、
鋼鐵、建筑材料（
水泥、石灰、
玻璃等）、紙漿和
造紙。該階段排放量的上限被設(shè)定在6 600萬噸C02，不包括非二氧化碳的溫室氣體。在成員國國內(nèi)法層面，國家分配方案（NAP）是歐盟排放交易體系運行的基本前提。歐盟雖然設(shè)計了排放交易體系的結(jié)構(gòu)，但各成員國的排放總量和分配給國內(nèi)各管制對象的EUA的數(shù)量，是由各成員國自己決定的。每個成員國要提交一份國家分配方案（NAP）給歐盟委員會，并在其中詳細(xì)說明相關(guān)信息。歐盟委員會對所有NAP進行評估，以決定其是否符合EUETS法令規(guī)定的標(biāo)準(zhǔn)。該階段，管制對象每超標(biāo)排放1噸二氧化碳被處以40歐元的罰款。
第二個階段是從2008年到2012年，該階段是實現(xiàn)歐盟各成員國在《京都議定書》中的全面減排承諾的關(guān)鍵時期，減排目標(biāo)是在2005年的排放水平上各國平均減排6.5%。從這一階段開始，EUETS的覆蓋范圍除了歐盟的27個成員國外，還包括了歐洲經(jīng)濟區(qū)的冰島、挪威和列支敦士登三國。這一階段首次考慮將
航空業(yè)納入減排管制體系。該階段強調(diào)并加入了儲備（Banking）概念，以便為EUETS帶來
市場活力和連續(xù)性，旨在鼓勵排放者根據(jù)他們現(xiàn)實狀況和對未來碳價格的預(yù)期進行額外減排。該階段，對超標(biāo)排放的懲罰從第一階段的40歐元／噸上升到100歐元／噸，在次年的企業(yè)排放許可配額中還要將超標(biāo)的數(shù)量予以扣除。
5群
