2月7日，國家稅務總局貨物和勞務稅司就碳排放權交易等適用增值稅政策的執行口徑進行明確稱，納稅人發生碳排放權交易、核證自愿減排量交易，應按銷售“無形資產—其他權益性無形資產—配額”計算繳納增值稅，適用6%稅率。

據《財政部 國家稅務總局關于全面推開營業稅改征增值稅試點的通知》（財稅〔2016〕36號）規定，無形資產，是指不具實物形態，但能帶來經濟利益的資產，包括技術、商標、著作權、商譽、自然資源使用權和其他權益性無形資產。其他權益性無形資產，包括基礎設施資產經營權、公共事業特許權、配額、經營權等。

在此次執行口徑明確之前，關于碳排放配額的屬性無明確界定，有無形資產說、存貨說、金融資產說等。從國際實踐看，目前不同國家和地區對于碳交易的業務實質界定也存在差異。例如，歐盟對碳排放權資產屬性的認定有存貨、無形資產等不同形式，而基于不同的性質認定，歐盟各成員國對碳排放權的稅務處理規定不同。在認定碳排放權為存貨的國家，企業轉讓碳排放權獲得的收入屬于營業利潤，用企業納稅年度總收入扣除可扣減的成本費用后進行納稅；在認定碳排放權為無形資產的國家，企業轉讓或處置碳排放權獲得的收入屬于資本利得，用轉讓或處置資產的收入扣除成本、處置資產的相關費用和增益費用后進行納稅，并進行無形資產攤銷。

2024年6月3日，全國首例ccer交易涉稅案在北京市通州區人民法院開庭，案件涉及CCER交易在增值稅上應當如何定性、是否應當開具增值稅發票等一系列稅務爭議問題。原告青海某化工有限公司訴稱，公司于2021年11月16日與北京綠色交易所有限公司簽訂《北京綠色交易所核證自愿減排量入場交易協議書》，約定其在北京綠色交易所有限公司交易平臺參與CCER交易，后公司通過北京綠色交易所有限公司交易平臺分別向某環保科技公司、某低碳科技公司購買了CCER，交易已經履行完畢，對方應根據交易金額開具相應價值的增值稅專用發票，但遭到拒絕。 

一位不愿具名的業內人士向中國環境APP表示，此次國家稅務總局明確執行口徑對碳排放配額屬性進行了認定，但在具體交易中，建議事先約定增值稅的稅負承擔問題，以避免后續的爭議和扯皮。雖然增值稅的稅務責任通常由銷售方承擔，但在實際交易中，買賣雙方可能因稅務負擔、開票及發票管理等問題產生分歧。特別是在碳排放權交易這樣的新興市場中，不同的交易方式、合同條款可能對稅負產生不同的影響，因此雙方應在交易前達成明確共識。

除了增值稅，在碳交易中，所得稅也是一項不可忽略的內容之一。根據《中華人民共和國企業所得稅法》及相關規定，無形資產的轉讓所得屬于企業所得稅的應稅收入，轉讓方需要按照相關稅法規定繳納所得稅。具體來說，轉讓無形資產時，所得稅的計算通常基于轉讓所得，即轉讓無形資產的收入減去無形資產的原值、攤銷金額等相關費用。如果是個人轉讓無形資產，可能還涉及個人所得稅。個人所得稅的稅率根據所得的性質不同（如財產轉讓所得），適用不同的稅率。對于股權、技術、專利等無形資產的轉讓，稅務機關會依據相關條款進行征收。