在碳排放配額的分配方面，各試點依據免費為主、適時推行拍賣等有償方式為輔的原則，同時又各有特色。
如上海大部分行業將按“歷史排放量分配法”分配配額，而對部分有條件的行業，將按“行業基準線法則”分配配額。納入配額管理的單位可使用一定比例的國家核證自愿
減排量(
ccer)履行清繳義務。清繳時，一噸國家核證自愿減排量相當于一噸二氧化碳排放配額，使用比例最高不得超過當年度通過分配取得的配額額度的5%。
廣東省特別提出，對新建固定資產投資項目，其是否獲得與碳排放評估結果等量的碳
排放權配額，可作為各級投資主管部門履行審批手續的重要依據。
深圳則按照國際慣例，在
碳交易試點期，配額分配以免費分配為主，拍賣分配為輔，以后將逐步擴大拍賣的比例，逐步向完全拍賣過渡。
