配額分配的焦點在于控排企業是否需要為配額付費，根據是否付費，配額的分配方式主要分為免費分配和拍賣。當前，各國排放交易體系的初期分配方式大都以免費分配為主，因為免費分配更易推廣且不會增加企業負擔。然而，鑒于免費分配在公平性、效率性等方面存在諸多不足，不少學者主張采取拍賣方法。從國際實踐來看，RGGI的配額分配主要通過拍賣來進行，歐盟也在不斷擴大拍賣分配的比重。

采用免費分配更有利于保證經濟增長，而要想實現更高的減排效率，拍賣分配是必然選擇。經濟發展仍是我國當前的首要任務，因此100%的配額拍賣并不現實。但面對越來越嚴重的環境問題，一個低效或無效的排放交易體系對我國意義不大。因此，在初期我國的配額分配應同時考慮減排效率與經濟發展，平衡好有償配額與免費配額的比例。