政策風險逐步成為影響碳交易的主要風險，國內碳交易開展以來，國家主管部門與七個試點省市各自出臺政策并且政策密集而多變，碳資產管理業務在實施過程中要面臨政策的不斷調整，各試點地區政策要求均不相同，因而存在政策性風險。以廣東省為例，2013年規定配額發放為有償發放與免費發放兩種方式，并且將逐年降低免費發放的比例。然而廣東省2013～2015 年的配額發放政策連續變化，2013 年規定由政府來發放 97%的免費配額，剩余3%配額為有償配額通過公開拍賣的方式由企業競拍獲得。2014 年規定 800 萬 噸的配額全部通過階梯競價的形式來發放。2015 年則變更為，有償配額降至200 萬噸，全部通過企業參與競價來發放。拍賣底價也逐年下降，由 2013 年的 60 元每噸下降至 12．84 元每噸。并且，最初承諾的免費配額比例降低速率超乎預期，有償配額底價設置過于隨意，而承諾的納入排控的行業也未擴大。雖然政府政策調整是出于適應市場需求的考慮，但是政策調整過于密集且缺乏連貫性，因此會大大增加企業在碳資產管理業務上的風險，從而降低企業參與碳市場的積極性。

流動性風險是碳資產管理的重要風險之一。首先，國內碳市場流動性與市場換手率偏低。相比于國外市場5-6的換手率,國內試點談市場的平均換手率僅有0.11，由此可見國內的流動性很低，與國外市場存在著非常大的差距。因此在這樣的市場交易時存在流動性風險。當市場交易頻率低時，持有買單可能無法找到交易對手。特別是對于大金額的買單，即使最終交易成功，也會對市場價格造成非常大的影響，提高購買方成本。如果在碳資產管理中沒有對碳配額市場沒有充分的判斷，可能導致損失。其次，一些碳資產業務會對企業的資金流動性有一定的考驗。其中碳資產托管業務最具代表性。目前國內碳資產托管業務在交易時需要保證金，因此托管規模過大容易引發管理機構的流動性問題。以湖北省碳交易市場為例，2014年該省碳排放權交易中心頒布的《配額托管業務實施細則(試行)》中規定:“托管協議執行期間實行市值風險控制。當該托管賬戶與保證金賬戶總市值不足托管配額市值的110%時，托管賬戶將被凍結”并且“追加保證金應滿足托管賬戶與保證金賬戶總市值為托管配額的 120%”。基于托管帳戶需要與碳資產市場價格關聯，碳資產管理機構的托管配額將同時受到市場流動性與其企業的資金實力影響。如果托管的金額與規模大于該機構的承擔范圍，會導致其交易失敗并造成損失。而由于超過自身的托管能力而無法按時或按金額追加保證金，導致其托管賬戶交易異常或者失敗，更有可能違反托管條約。

市場風險也是碳資產管理的風險之一。碳交易市場價格與產量受多種因素影響，市場變動會給碳資產管理帶來很大的不確定性。首先，由于現在國家以及全球經濟的增長和變動會影響社會生產和工業發展，進而影響碳資產的交易需求和價格，導致碳資產管理的規模與收益將面臨市場波動和影響。社會生產速度加快會導致工業發展加速，企業的碳排量變大，碳資產管理配額增加，擴大碳資產管理業務規模，提高效益。反之亦然。其次，化石能源價格的波動也會影響碳交易市場。化石能源價格降低，企業化石能源使用量增加，二氧化碳排放量上升，碳配額的需求增加，有利于提高碳交易市場價格，碳資產管理業務得到更好的發展。反之，化石能源價格走低，企業使用量降低，碳配額需求量下降。第三，新能源的發展與使用會對碳交易市場價格以及需求量造成影響。新能源的推廣及普及有利于降低企業的碳排量，并且企業也會通過研發新的技術來提升生產效益，從而降低碳排量。因此新能源和企業的新技術都會降低企業的碳配額需求。上述三個方面的變動與不確定都會對碳資產管理帶來市場風險。

碳資產管理業務存在一定的履約風險。以碳資產托管業務為例，通常企業需要在短期內將碳資產轉移給碳資產管理公司由碳資產公司統一進行托管業務，在到期前由碳資產管理公司將碳資產資產及收益返還給排控企業。在此過程中，排控企業需要托管資產在碳排放履約的最后期限之前返還，并且保證企業有充裕的時間完成履約操作。而碳資產公司則希望碳資產歸還期限盡可能接近履約期限，以便充分利用碳資產的市場價格波動來進行碳資產增值交易。由此便產生了碳資產管理的履約風險，企業與碳資產公司需綜合考慮多方面的因素約定具體碳資產返還時間，例如地方發改委對碳排放履約截止期限的設定、交易所對配額返還審批時所需要的時間以及企業內部完成履約的審批操作時間等多方面因素。如在履約期前，這些因素出現了變化，都會造成碳資產歸還的延期，產生履約風險。