配額的初始分配是碳市場的核心要件，從國際市場和國內試點經驗看，也是決定市場運行平穩性、有效性，以及減排效果的關鍵要素。日召開的國家發改委改革專題會議上，發改委副主任劉鶴同志即提出要“繼續扎實推進碳排放權交易”，同時特別強調要“進一步細化碳排放權配額分配的具體方法和程序”。按照全國碳市場建設工作的總體安排，要在年啟動全國碳市場，就需要在今年完成配額分配方案的設計，這也是年我國碳市場建設從試點走向全國過程中最為關鍵的任務之一。

此外，對于配額的使用限制，包括跨期儲存與結轉相關規定也是碳市場交易規則中的重要內容。而在試點向全國市場過渡的過程中，試點市場配額能否在全國市場啟動后繼續使用，也是目前討論的焦點。

圍繞配額分配方式的爭論，焦點圍繞著“一致性”、“差異性”與“靈活性”三個關鍵詞展開：

強調“一致性”的觀點指出，要明確區域發展的補貼意義和碳市場功能之間的本質區別，不能把“共同但有區別的責任”原則用在碳市場，而是要保證在配額分配上采取全國統一標準，從而保障全國碳市場的公平性、一致性和穩定性[9]；

強調“差異性”的觀點則認為，我國地區增長路徑具有較大的差異，對于部分經濟發展和節能減排壓力都較大的地區而言，高能耗、高排放企業往往對經濟和財政的貢獻都不小，因此在配額分配過程中需要適當考慮，避免短時間內增加較大的成本負擔。事實上在部分試點地區已經采取了“差異化”的配額分配方式，例如廣東碳市場再分配預留配額時，向發展任務較重的粵西北地區傾斜。而在日國家發改委改革專題會上，劉鶴也指出碳配額分配方法要“考慮公平和效率、區域發展差異等問題”；

強調“靈活性”的觀點則指出，除了上述兩方面因素，由于我國經濟增長較快、產業結構變化較多，大部分地區仍處在工業化轉型的過程中，因此需要預留相當比例的配額以應對經濟形勢和政策目標的調整。

綜合上述觀點， 我國碳市場實質上形成了相對折中的分配體系，遵循“統一行業分配標準”、“差異地區配額總量”、“預留配額柔性調整”這三項主要原則。 按照《暫行辦法》的規定，由國家發改委根據各地區溫室氣體排放、經濟增長、產業結構、能源結構、控排企業納入情況等因素確定地區配額總量，并預留部分配額用于有償分配、市場調節和重大項目建設。地方配額在初期以免費分配為主，適時引入有償分配，并逐步提高比例。其中免費分配的標準和方法由國家發改委參考相關行業主管部門的意見統一確定。地方配額總量與免費分配配額之間的軋差，可由地方政府用于有償分配，有償分配的具體方式由地方確定。

從字面上看，由于國家在進行地區配額總量分配的過程中已經適當考慮了地區差異，因而在免費配額的分配標準設置上不再考慮地方偏向性，而是按照統一的行業標準確定。由于配額分配標準由國家確定，地方層面只能遵照執行，或者從嚴執行，可見地方對配額分配沒有自主權。這樣設置無疑是旨在兼顧地區差異和市場公平：在配額總量分配時考慮地區差異，而在免費分配時嚴守統一標準從而保障市場公平性。但值得注意的是，理論上這樣的分配方式并不一定能夠保證不同地區的企業在交易過程中的公平性。按照規定，地方配額總量扣除免費分配后的部分，可由地方政府通過拍賣或固定價格出售的方式進行有償分配，有償分配的方式和標準由地方確定。因此配額總量分配的地區偏向性便會導致各地區配額有償分配成本的差異。此外，由于地方在免費配額分配過程中，可以執行比國家標準更嚴的標準，其結果是降低免費配額分配比例，提高有償分配比例。因此可能出現各地區在免費分配部分“從嚴”，而在免費分配部分“競次（ Race to the Bottom ）”，即壓低有償分配的價格，間接地提升本地企業在碳市場的競爭優勢。實證研究表明,在碳市場上，如果采取偏向性的配額總量分配方式，則會導致中西部地區不當的競爭優勢，長期會使高耗能產業向中西部集聚，形成“污染天堂”效應，反而不利于地區協調發展[10]。因此有必要對有償分配的方式和標準進行限制，統一采取拍賣進行有償分配，同時要求各地配額拍賣向外地企業開放的方式，能夠統一不同地區企業獲得配額的實際成本。此時配額總量分配的地區偏向性僅僅會影響到各地方政府拍賣收入，而不會對市場公平性造成影響。地方政府的拍賣收入可以用于支持低碳技術、產業的發展，或用于低碳基礎設施投資，從而兼顧地區差異。