需要注意的是，對于耗碳量較大的傳統型企業而言，ccer雖提出了一種“用項目換碳抵消信用”的解決辦法，但其落地對企業而言并非一勞永逸。

海通證券指出，CCER交易為碳配額交易有力補充，但其準入量仍需合理設計。過度放開CCER進入會對碳配額市場造成沖擊，削弱配額有效性、降低企業內生減排動力；過少則無法充分利用CCER對碳市場的促進作用。

回顧CCER項目制度的過往歷程，其曾因市場混亂、不規范等問題引發關注。2017年3月，國家發改委曾發布公告，暫停溫室氣體自愿減排項目備案申請的受理。作為CCER項目審核機構的廣州東潤發環境資源有限公司相關負責人曾在接受采訪時表示，市場上CCER項目供應量太多而需求有限，相較促進貿易，國家更傾向于通過限制項目備案、增加限制性條件來減少供給。

同時，中央財經大學綠色金融國際研究院助理研究員周杰俁認為，由于CCER須用于抵消“經核查排放量”，這或與《管理辦法》中的“雙隨機、一公開”存在沖突，如果希望使用CCER項目進行抵消的企業并未經過隨機核查過程，或將導致抵消過程變得更繁瑣，應對此進一步明確。

此外，此次《管理辦法》規定，參與全國碳排放權交易市場的重點排放單位，不重復參與各碳交易試點市場。周杰俁指出，應加快制定細則，做好試點與全國碳市場的銜接工作。從試點碳市場到全國碳市場的銜接，涉及各試點碳市場已納入主體目前仍持有的配額結轉問題，以及不同碳市場差異較大的碳價等問題，對于試點碳市場配額向全國碳市場配額應進行轉換、過渡或注銷以及如何給予試點已參與交易、做過減排努力的企業應得的獎勵等，未來需進一步理出方案。