在計稅依據方面，由于實際碳排放量的度量難度較大，只有少數國家以直接排放到空氣中的二氧化碳量計征碳稅，大部分國家都是以化石燃料的含碳量來計征碳稅。化石燃料的含碳量計算公式為: 化石燃料消耗量×排放系數。排放系數根據化石燃料種類和相關參數確定。按照我國現有的技術水平，碳稅開征初期也應先按照化石燃料的含碳量作為計稅依據，并采取從量計征方式，同時對已被納入碳排放權交易體系的企業或者其他經濟組織進行免征。當碳捕捉、碳封存等技術逐漸成熟后，再根據實際的碳排放量來征收。碳稅從依據化石燃料中的含碳量到依據二氧化碳排放量征稅，是一個逐步改革的過程，應該按照我國的實際情況來確定。

在征收環節方面，碳稅開征初期，應該考慮先選擇在化石能源的生產環節征收，相應地對征收的資源稅進行減免。碳稅實行一段時間后，可以考慮從化石能源的生產環節轉移到批發或者零售的環節征收，甚至可以考慮轉移到耗能企業的消費環節征收。