在調研中，我們看到各地在發展林下經濟中差距不小，存在著一些問題。

思想觀念尚有差距。比如，有些地方認為林下經濟成不了大氣候，抓林下經濟屬于“小打小鬧”，持消極應付和懷疑觀望態度；有些地方把林業資源保護僅僅作為生態保護的一個方面，忽略了森林生態系統的非木質生產和經濟功能，沒有認識到林下經濟是對林業資源價值的再開發，而這正是對生態更為積極有效的保護。

市場組織化程度低。目前林下經濟主要是以農戶家庭經營為主，規模較小，自產自銷，市場競爭力不強，抵御風險能力較弱。以“林菌”模式為例，因沒有專業菌棒生產企業，沒有實行統一集中供種，多數農戶自行制作與擴繁，不僅菌棒成本高，而且質量無保證。同時，由于龍頭企業和林業協會發展相對滯后，缺乏專業技術人才，一些市場前景好、產業化程度高的項目受資金和人才制約，無法落地實施，致使林下經濟科技含量較低，產業鏈條短。

科技支撐能力不強。這是發展林下經濟的重要制約因素。第一，普通農戶大多沿用傳統種養方式，經營模式和品種單一，難以滿足市場多樣化需求。第二，加工企業往往單純追求產量，產品深加工能力不足，資源消耗量大，附加值低，經濟效益不明顯。第三，很多地方既沒有完善的技術標準體系，也沒有相應的技能培訓與服務指導，致使種養成本過大。

資金制約因素大。調查表明，30%的農戶認為資金缺乏是發展林下經濟的主要障礙。金融部門對林農貸款額度小、門檻高，同時由于抵押物不足，農戶很難從金融機構獲得貸款，發展受到限制；一些種養大戶雖取得了經濟效益，但在擴大規模時也面臨資金困難。

基礎設施薄弱。由于林區大多道路建設等級低，通電通水條件差，建筑材料運輸成本高，林下經濟發展遭遇諸多不便。尤其是在貴州等地森林資源多分布于高、遠、偏僻的山區，基礎設施薄弱，使先進的種養業方式無法推廣，從而制約了林下經濟的規模化發展。