近年來，我國的環境保護監管工作在機構建設和監管能力建設等方面取得了長足發展。但是，在環境監管體制機制方面仍存在一些問題，制約了環境監管工作發展。環境保護部部長陳吉寧指出，要深化環保領域改革。因此，當前急需制定切實可行的環境監管體制機制改革方案，推動環境監管工作有序發展。

首先，在橫向上，環境監管職能分散，權力與責任不對等，統一監管不足，環境與發展的綜合決策體系不健全；在縱向上，上下級的環境保護監督乏力，地方政府缺乏嚴格監管的動力。

我國現行的環境保護行政監管體制機制，在防治環境污染、遏制生態破壞、保障生態安全等方面發揮了重要作用，但也存在一些統籌不足的現實問題。什么是統一監督管理？統一管理和分工負責有何區別？統一監督是否包括環境保護主管部門對其他部門履職情況的監督？對于這些問題，法律沒有進一步的界定。當前，理論界普遍認為，環境保護包括對自然資源的保護，環保部門統一監督管理就是環境保護主管部門統一指導、協調和監督自己和其他部門在自然資源和環境保護方面的工作。但這一觀點并未得到相關政府部門的認同，其原因在于，部分政府部門擔心自己分工負責的職權會因環境保護主管部門的統一監督管理而被架空，更不愿意看到另外一個非監察性質且與自己平級、互不統屬的政府部門來監督自己的履職情況。

此外，由于自然資源之間、生態環境與處于其中的自然資源之間具有相互影響性，因而，當有關部門因環境污染、生態破壞、資源開發利用等事項發生交互性的職權糾紛和矛盾時，環境保護主管部門的統一指導、協調和監督等職權作用的發揮，常常難以得到其他部門的認同。這不僅影響環境保護行政統籌監管的效率，而且阻礙了環境和自然資源保護全局工作的開展，也損害了政府的公信力。所以，從應然性角度來看，目前環境保護主管部門統一監督管理作用的實際發揮還相當不夠。

盡管新修訂的《環境保護法》規定了生態補償等自然資源保護措施，但從整體上看，與生態保護有關的自然資源開發利用、林業環境、農業環境、水環境、水土保持等方面的規定仍呈現出修改少、綜合性不足的問題，立法結構瘸腿的現象沒有得到糾正。基于《環境保護法》屬于全國人大常委會通過的法律，與《水法》、《森林法》、《土地管理法》等法律的層級一樣，難以起到統帥作用。因此，一些學者認為，此次修訂的《環境保護法》雖可以為環境保護主管部門提高執法監管能力和實效所用，但對于水利、國土、林業、海洋等部門則難以適用。

可以說，在橫向上，環境監管統管部門與行業主管部門之間存在職能交叉，且缺乏制度化、程序化、規范化的溝通協調機制。導致環境監管實際工作中常出現互相推諉或扯皮現象，難以實現有效的統一監管。盡管在中央層次已經建立了全國環境保護部際聯席會議機制，但這一機制缺乏行使職能的法定途徑，且在促進綜合決策、加強環保協調方面作用有限。自2014年起，全國100多個市縣開始實行環境保護多規合一機制，即經濟社會發展總體規劃與環境保護規劃、國土資源規劃、城市建設規劃合一，從而實現環境保護與經濟社會發展綜合決策的目的。這一措施的覆蓋面還應繼續加大。

在縱向上，環境監管體制最突出的問題在于有效性不足，即中央對地方的環境監管缺乏有效約束。其主要原因在于，地方各級環境行政主管部門的人事任免和財權都在同級黨委和政府手中，上級環境保護部門作為專業指導和監督部門，難以有更大的約束和監督手段。

其次，社會和市場參與不足，多元共治的環保體制機制尚未健全。

國家治理體系是指治國理政的制度體系，國家治理能力現代化是指治國理政能力的現代化，因而，可以把兩者分別總結為制度體系和制度能力。其核心是在黨的領導下和政府負責下，通過制度建設，吸收各方面的力量參與環境保護，實現環境共治。

環境保護需要常態性監管，而我國政府的監管力量具有偶然性的特點，具有視野有限的局限性。政府常因監管力量不足而引起現場監管缺位的窘況。相對于廣泛的違法行為而言，環境保護主管部門能夠作出處罰的違法行為十分有限，無法實現全面、有效打擊違法行為的目的。然而，社會公眾監督資源非常豐富。在絕大多數場合中，其監督的力量是常態存在的。

但是，我國當前環境立法和法律實施，仍過分強調行政力量掌控作用的發揮，未對公眾的常態性監督力量給予足夠重視，導致環境保護釣魚執法、選擇執法、尋租執法、滯后執法等執法不公、執法缺位的問題層出不窮，使環境法律規范的實施走了調、變了樣。