政府通過拍賣方式分配配額，從經濟學上來說效率最高，同時也能讓控排企業為自身排放付費，符合“誰污染誰付費”的原則。但政府通過“創造”出一個全新的市場，然后通過市場拍賣獲得大量金錢，如果沒有一個合理的章程安排這部分資金，將容易遭受社會的非議。因此，政府在決定將部分/全部配額進行拍賣時，應制定款項使用細則，并向社會公布。
理論上說，政府拍賣配額后的收入有以下幾種處理方法：
一、通過某種方式返還競賣方。政府可以將拍賣所得設立基金，支持競賣方有利于產生應對氣候變化效益的產業活動。例如成立有關的
減排技術資助項目，企業進行有關的減排技術改造可以申請補貼。
二、減少某種特定稅種的稅率。根據“稅收中性”原則，政府在增加一個新稅種的同時，應該減輕已有稅種的稅率，保持企業總體負擔不變。雖然企業參與配額拍賣與納稅不同，但政府若每年都要求企業參與拍賣或定價購買配額，那從實際效果上同樣是增加了企業的負擔。因此減少企業其他稅種方面的稅率也是一個增加企業接受程度的辦法。
三、放入政府一般性收入中。如果通過減少其他稅種稅率等方式減少企業負擔，則會造成政府收入減少，可以將拍賣納入政府財政中予以補充。但如果沒有其他返還或者企業減負的途徑，直接納入到政府的一般性收入中，則容易引起爭議。
四、返還消費者。企業在付出金錢購買配額后，往往會通過提價等方式從消費者手中收回成本。政府可以設計特殊的規則，將拍賣所得補貼到消費者身上，減少消費者的負擔。
五、投入其他低
碳減排項目。政府可以建立專項基金，支持有利于加強應對氣候變化能力建設和提高公眾應對氣候變化意識的相關活動。或基金通過有償使用方式支持有利于產生應對氣候變化效益的產業以及金融活動。
