在碳排放初始分配方面，國家和各地發展和改革委員會是配額管理主管部門，負責提出配額分配方案，組織年度配額免費和有償發放，配額日常管理及配額登記系統監管，受理企業和單位申訴，向社會公布相關信息等工作。但因為碳排放額度初始分配涉及全國二氧化碳排放總量、地區基本排放額度、重點行業排放額度等確定，需要電力、水泥、鋼鐵、石化、陶瓷、有色金屬、紡織、塑料、造紙等工業行業、公共建筑、交通運輸領域的行政主管部門的協同、配合。可見，碳排放配額總量控制與分配涉及眾多且復雜的行政機關。而國務院發展和改革委員會只能規定部門規章，在中央層級立法體系中屬于效力最低層級，難以對國家發展和改革委員會以外的其他部委起到很好的約束作用。建議由國務院制定行政法規——《碳排放配額總量控制與分配條例》，在該條例中尤其應注意加強排放權配額分配制度和程序的透明度和參與度，將碳排放指標分配的各個步驟、程序、環節和事項以及分配的基本原則和具體規則加以充分的公開，各地區、各企業甚至民眾都能充分參與并發表自己的意見。要充分聽取各產業部門、各行業協會或經濟組織的意見，對于重要問題應當組織專家、學者、經濟實務界人士，以及民眾代表進行充分論證。通過程序公正對于這種特殊行政許可行為予以更嚴格法律約束，保證相關行政主管部門依法行政，公平分配碳排放配額。