碳抵消是指經濟主體通過購買碳信用額度的方法來抵消它所產生的溫室氣體。在不同的碳市場中，碳抵消信用標準并不一致。比如，一些美國國內的碳市場(如加利福尼亞州的碳市場)允許參與者使用來自國內的農業、森林業的碳信用，以及來自于發展中國家的減少森林砍伐和退化造成的溫室氣體排放計劃(REDD)中的碳信用，但是他們并不承認來自于CDM的碳信用。與之相反，歐盟碳市場只接受來自于CDM的碳信用，而并不承認森林碳信用。顯然，對接碳市場在碳抵消信用標準上存在的差異將成為碳市場對接的直接障礙。

值得強調的問題是，如果對接碳市場中僅一方接受了某些碳信用，他們利用這些碳信用滿足國內的履約要求后，將國內的碳配額銷售給未接受這些碳信用的碳市場，這將影響對接體系中碳配額的總體供給水平，繼而對碳配額的價格產生影響。這一問題將困擾對接碳市場中的決策者。此外，在兩個對接碳市場中，其中一方對碳抵消信用進行了折扣，而另一個碳市場沒有對這些碳抵消信用進行折扣，這將導致對接碳市場間的套利行為，并由此阻礙市場對接。