從我國國家環境保護規劃發展歷史來看，環境保護部門色彩和污染防治過重是一個很突出的問題。“十三五”環境保護規劃應該突破這一問題，按照新的《環境保護法》、生態文明和依法治國戰略、大氣、水和土壤三大污染防治行動計劃要求來編制，特別是在生態保護方面應有重大突破。

“十三五”環境保護規劃應該在全面建成小康社會目標下，緊緊圍繞改善環境質量、保障公眾健康、生態功能良好、環境安全穩定這樣4個領域去設計。要實現環境保護與民生改善相結合、經濟發展與環境保護相協調、人與自然和社會相和諧、國內與國際保護相統籌。要把環境保護作為生態文明建設主戰場主陣地考慮，把環境保護作為提升國際競爭力重要途徑，著力為國家三大戰略新布局（“一路一帶”、長江帶、京津冀協同發展）的綠色發展提供保障。

在規劃體系方面，編制《國家環境保護“十三五”總體規劃綱要》的同時，編制旨在改善環境質量和生態平衡的水氣土環境要素保護規劃、核與輻射環境保護規劃、農村與生態保護規劃、環境治理能力現代化建設規劃等規劃。

編制國家環境保護規劃、標準和政策，都應該進行社會經濟影響評價，為決策者提供實施這些規劃、政策和標準的經濟成本、經濟效益、健康效益的分析，需要關注規劃實施的社會公平性等問題。這是目前環保部門比較缺乏的能力，應予以加強。

保障公眾健康和改善環境質量是環境保護的硬目標。“十三五”規劃應為建立全面面向環境質量和公眾健康的規劃提供支撐，同時，應兼顧環境保護規劃目標的連續性、民生特點和MRV（可測量、可報告、可核查）要求。環境目標需通過“自下而上”和“自上而下”相結合的方式確定，并充分調動地方政府改善環境質量的積極性和創造性。目標設定應與2020年全面建成小康社會目標總體要求相一致，與大氣、水、土壤三大行動計劃確定的目標相銜接。如果可能，還應對2025年甚至2030年的目標指標提出預期，給出政府改善環境質量的目標路線圖。

環境保護的總體目標：讓全國老百姓更早、更多、更好地呼吸上新鮮的空氣、喝上干凈的水、吃上放心的食物，在優良美好的環境中生活，讓藍天常在、青山常在、綠水常在，讓碧水藍天凈土成為偉大復興中國夢的重要元素。

關于環境質量目標指標：建議實行城市環境質量目標矩陣管理模式。要確定一批環境質量已經達標、需要維持改善的城市和地方（標桿城市）、一批“十三五”經過努力能夠達標的地方和城市（達標城市）、一批不能實現達標但得到改善的地方和城市（改善城市）。因此，要短期內分析“十三五”期間空氣質量改善城市矩陣（標桿城市、達標城市、改善城市、惡化城市）。要摸底全國城市水體污染情況和所有地級以上城市水體污染狀況，確定水環境質量標桿城市、達標城市、改善城市名單矩陣。考慮到土壤環境質量監測能力的有限性，土壤環境質量目標矩陣可以先在全國一些污染較重的地區開展試點。要向社會全面公布“十三五”城市空氣質量改善矩陣、城市集中水源地達標矩陣、城市景觀用水改善矩陣，真正落實地方政府環境質量負責制。除了設立環境質量城市矩陣目標外，要對全國性、流域性、區域性的重污染天氣減少、劣V類水體消除等做出規定，也向社會全面公開。

關于環境保護公眾健康指標：鼓勵地方城市建立一些兼顧百姓民生的環境指標，如健康藍天數、可游泳水面、可垂釣水體、可飲用水源等。建立一些環境質量與民生改善相關聯的指標，如人口加權的PM2.5年均濃度、安全飲用水覆蓋人口比例、無公害蔬菜糧食覆蓋率，等。這些指標“十三五”不一定是約束性考核指標，可以是社會性的評價或評估指標。一旦這些指標的監測評估體系成熟后，再納入約束性考核指標。

關于生態保護目標指標： “十三五”應該考慮以生態保護紅線、自然保護區以及生態產品服務為突破口，設立具有約束性的生態保護目標指標。這樣，一方面要取得相關部門和專家的共識，另一方面近期可能還要做大量的基礎性工作。如果協調有困難的話，建議嘗試生態功能保障紅線和生態系統類型紅線相結合的模式。

關于總量控制目標指標：持久控制總量和減排是改善環境質量的硬道理和硬手段。總體上，建議“十三五”期間全國性的污染物排放總量控制指標不擴展，區域和行業性的總量控制指標主要交給地方政府落實，國家出臺一些技術指南和規范。全國性的總量控制指標必須實現與環境質量改善掛鉤，實現面向改善環境質量的總量控制模式轉型。

關于全球環境保護目標：我國的環境保護在國際上應有一定的地位，這也是作為一個負責任大國的表現。要考慮聯合國可持續發展千年目標實施的可持續發展目標（SDG）的確定。因此，“十三五”環保規劃可以考慮一些預期性的國際環境保護目標指標，如二氧化碳排放總量控制或者增量控制目標、汞排放總量控制、ODS淘汰目標等。