目前，無論是學術界還是管理部門對環境管理主管的職能定位始終沒有形成共識。主要表現為對綜合決策、綜合管理/統籌協調、統一監督執法、執行層面的行政管理這些職能如何配置上。

1、主要定位于監督執法部門

曲格平從政府管理角度，提出“環境管理是指各級人民政府的環境管理部門按照國際頒布的政策法規、規劃和標準要求而從事的督促監察活動”。

胥樹凡（2009）認為對環境管理部門的職能定位不準確是造成環境管理體制不順的主要原因。主要表現為三個方面：一是把具體做環境保護的職能與環境保護監督執法的職能混淆起來，而沒有把環保部門定位為監督執法部門，而是當作綜合管理部門，存在職能定位錯位；二是環保部門職能定位沒有體現不同層級的差異性；三是職能定位層次不高，側重于做具體事務，針對企業的直接管理。為此，他建議進步改革環境管理的思路是：監管分離，強化監督，突出執法，明確責權，垂直管理。

杜群（1993）認為，環境管理體制與我國行政管理體制一樣，長期存在機構職責不明確，部門之間職責交叉，關系不順問題。環保法賦予了環保專門機構統一監督管理的職能，但由于法律并未就這一原則的內涵和外延作進一步的規定，也就沒有從實質上理清統一監督管理部門與分工負責部門的職權界限，橫向主次關系模糊。在實際工作中，這一原則的操作性十分柔弱。進一步改革需要加強監管的統一性。

2、多種職能定位

1980年，時任國務院環境保護領導小組辦公室副主任的曲格平提出，環境管理的基本職能主要有三項：第一，編制環境保護規劃；第二，組織環境保護工作的協調；第三，進行環境保護工作的監督。

馬中和吳?。?004）提出，為了深化市場經濟改革和實施可持續發展戰略，新的環境管理體制應當能夠更充分地代表國家和人民的利益，也更具有更高的權威和更強的能力，應該具備這樣一些基本特征。1）新的體制是高度統一的，在統一決策的基礎上，由代表國家利益又沒有部門色彩的政府主管機構統一監督其他政府部門和地方政府執行環境保護法律法規。由于環境問題的整體性和事關國計民生，污染和生態分而治之的局面應當改變。2）新的體制應是分工合作的，環境保護的國家性、全民性、長期性和跨部門性，決定了環境保護管理工作必須有多部門參與，各司其職，分工執行。3）新的體制應真正落實綜合決策，過去的經驗和教訓已經無數次地證明：環境與發展綜合決策是最有效率也是效果最好地保護環境、解決環境問題的途徑，主要有兩種形式：①通過參與決策過程，包括主持擬訂或制定環境保護的法律、法規、規章、規劃和標準；參與擬訂和制定有重大環境影響的法律、法規、政策和規劃，對與環境保護有關的法律、法規和政策草案提出建議和意見；②通過監督機制，對發展戰略、社會經濟政策、發展規劃和建設項目實施環境影響評價；監督部門、地方的環境保護工作；對生態狀況、環境質量和污染物排放實施監測。4）新體制應具備跨部門協調的功能，在有關環境保護的事務超越有關政府部門職能范圍時，在國務院的層次上協調和解決部門間、地區間、短期利益與長期目標之間、不同政策之間關于環境與發展的關系和問題。為此，建議中國政府恢復設立國務院環境保護協調機構。

一些學者從歷年的《環保部機關"三定"實施方案》和當前的實際職能分析，發現國家授權時，環保部門的職能已從"統一監督管理"轉向"綜合協調"（王曦，鄧旸，2011；高曉露，2012）。亞行（ADB，2012）報告分析發現，中國環保部的12項職能中，其中4項涉及環保機構的建立、環境研究和技術開發，開展國際環境合作、開展環境宣傳和教育，其余8項均與監督、監測和監察和管理環?；顒佑嘘P。同時提出，中期的改革目標是統籌整合相關部委的生態保護職能，由國家環境保護部統籌協調和監督管理國家環境事務和生態保護工作。

任景明（2013）認為，環境保護職能與現代政府的四大職能（經濟調節、市場監管、社會管理、公共服務）均有涉及。1998年國家環?？偩殖闪r的三定方案12項職能可以概括為行政立法、執法和監督三大類。并建議將環保部的職能專注于首位兩端：定規則和看結果。如果環保部門熱衷于具體治污職能，將存在“運動員”與“裁判員”合二為一，弱化監管力度的問題。

3、關于加強綜合決策、綜合管理/統籌協調職能

環境問題產生的主要原因是"市場失靈"和"政府失靈"。“政府失靈”的主要表現是環境管理體制存在弊端，如管理機構設置不盡科學、缺乏綜合協調機制、管理模式單一、公眾參與缺失等，為此，李亞紅（2008）建議必須創新環境管理體制與制度?，F代環境管理體制應該能夠實現環境保護的統一決策和統一監督，實現部門之間良好的分工與協作，應該建立有效的協調機制和多元化的管理模式，應該能夠在國家管理的基礎上引入公眾參與的力量。國冬梅（2008）認為，新成立的環境保護部還不能很好地解決與相關部門的職能交叉問題，因此建議恢復組建新的國務院環保委員會或可持續發展委員會，辦公室可設在環境保護部，另外可推動制定協調部際環保工作的法律性或授權性文件，從而推動綜合決策落實到位。

龔亦慧（2008）提出，全面提升環境保護在國家執政體系中的地位，要賦予環境部門更高、更強的決策和綜合協調權力。王怡、王艷秋等（2011）提出，環境管理體制模式應以統一監管機制、協調機制、綜合決策機制、三元機制為運行機制，消除環境問題中的體制性障礙，實行垂直和扁平化管理相結合。馬中和吳?。?004）認為，環境保護沒有部門色彩，所代表的是國家和社會的整體利益，強化環境保護職能，能夠抑制一些部門的利益動機。新的環境管理體制應當是高度統一的，應當是分工合作的，應當真正落實綜合決策，還應當具備跨部門協調的功能。

任景明（2013）比較系統完整地研究了環境保護參與宏觀調控職能的歷史、現狀、經驗教訓以及改革建議。他認為環境問題的復雜性和環境管理的系統性，使人們認識到統一監管是環保工作的基本要求，綜合決策是其重要宗旨。為此，他提出要進一步建立環境與發展綜合決策機制，設置跨部門高規格環境管理協調機構。關于環保參與宏觀調控的手段，任景明認為，除了運用傳統的財政和貨幣等經濟宏觀政策手段以外，也包括政府直接干預市場主體的行為的發展規劃、法律手段和行政手段等非傳統意義的宏觀調控手段，如市場準入、數量管制和價格管制、自然壟斷和共有資源管理等。2004年以來，國家環?？偩指鶕鴦赵阂?，運用環境標準、環評等手段，組織開展鋼鐵、水泥、電解鋁行業投資項目專項清理，2006年進行的綠色GDP核算，以及開展環境功能區劃，研究不同區域的功能定位和發展方向、資源環境稟賦、經濟條件，制定不同的產業準入門檻，2007年提出的“區域限批”等都是環境管理部門參與宏觀調控的形式。

在反思環境管理主管部門參與宏觀調控的效果未達預期的主要原因時，任景明認為主要是：1）項目資金來源的多元化，宏觀調控著眼點以外的“自籌和其他資金”項目從1981年的55%上升到2006年的72.6%；2）以重點行業規模以上企業為重點宏觀調控對象，導致占企業總數99.9%、國內生產總值的50.5%，污染負荷約占50%以上的中小企業未納入宏觀調控范圍；3）在GDP考核和生產型增值稅的體制背景下，徹底將中國推向了一個不計資源環境后果的國際產業大規模轉移下的“世界工廠”。在前兩個因素影響下，“十五”期間，國家環?？偩止矊徟ㄔO項目僅占全國審批建設項目的0.17%，計劃投資占同期全社會固定資產計劃投資額的11.6%。由此，他認為現行的環境管理制度（主要指宏觀調控）的體制機制很難抵擋各利益主體膨脹的低質“增長”的動力。

綜上所述，學者們對強化統一監督執法基本沒有太多分歧，同時也傾向于在監督執法基礎上增加綜合管理的權限，但是對于如何配置綜合決策、統籌協調權的方式以及現有體制下的可行性方面有不同認識，對具體執行職能的分權、放權還是爭議較大，學者觀點相對同意執行分權，但管理者擔心監督執法權很弱的情況下，將執行權分權、下放可能進一步弱化環境管理主管部門。