習近平總書記指出，“要正確處理好經濟發展同生態環境保護的關系，牢固樹立保護生態環境就是保護生產力、改善生態環境就是發展生產力的理念”。環境問題本質上是經濟問題，我國正是由于經濟的高速發展所伴隨的粗放型發展方式導致了環境污染和生態破壞，因此，平衡和處理好發展與保護的關系，是解決環境問題的唯一出路。目前，環保部門尚不能有效參與國民經濟發展等重大規劃的編制，也難以深度參與經濟、貿易等政策的制定過程，甚至無法對重大戰略、規劃和政策開展環境影響評價，地位頗為尷尬，權威性大打折扣，難以實現優化經濟發展的需求。這就要求在深化生態環保管理體制改革時，必須確保環保部門充分參與國家決策，發揮宏觀調控職能，加強綜合協調職能，大力推動政府環境責任落實，樹立法律權威。

一是發揮宏觀調控職能。環境保護部部長陳吉寧指出，“要適應和引領經濟發展新常態，尊重自然規律和經濟規律，充分發揮環境保護對經濟發展引領、倒逼和拉動的綜合作用，以資源環境承載能力為依據，著力推動經濟社會與環境保護協調發展，在更高層次上實現人與自然和諧”。生態環保管理體制改革就是要增強生態環保在經濟社會發展中的宏觀調控職能，切實提高環保部門參與國家重大決策地位，發揮以資源環境承載能力倒逼經濟發展的作用，將生態環保的理念作為前置要求融入到生產、流通、分配、消費的全過程和各領域。

二是加強部門協調職能。雖然國務院“三定”方案和《環境保護法》賦予了環保部門綜合協調和統一監督管理的職責，但由于缺乏有效的手段，實際工作中往往難以實現。生態環保管理體制改革就是要充分發揮環保部門在生態文明建設中的牽頭引領作用，強化環保部門綜合協調生態環保事務，統一監督相關部門履行生態環保責任的職能，還要提供統一監督相關部門的有效手段，建立督察、考核和問責機制。

三是推動地方政府環境責任落實。新修訂的《環境保護法》規定，地方各級人民政府應當對本行政區域的環境質量負責，國務院環境保護主管部門對全國環境保護工作實施統一監督管理，上級人民政府及其環境保護主管部門應當加強對下級人民政府及其有關部門環境保護工作的監督。生態環保管理體制改革要完善國家環境監察制度，特別重視積極探索逐步提高環保工作在黨政領導干部政績考核中的比重，開展領導干部離任環保審計或在經濟審計中納入環保內容，推動地方政府的責任落實。

四是落實企業環境保護主體責任。十八屆四中全會指出，“法律的生命力在于實施，法律的權威也在于實施”。陳吉寧也提出，“要全力貫徹落實好《環境保護法》。抓緊出臺配套文件和實施細則，加大對違法企業的查處力度，對于違法特別是未批先建的企業進行全面排查，做到‘四個不放過’，即‘不查不放過、不查清不放過、不處理不放過、不整改不放過’。抓緊篩選一批、查處一批、通報曝光一批環境違法典型案件，形成震懾作用”。生態環保管理體制改革要把貫徹落實好新《環境保護法》，作為關鍵任務樹立環境執法權威。要通過完善環境監管執法規則，規范環境監管執法程序，強化監督問責機制和責任追究機制手段，實現嚴格執法的目的，防止不作為或亂作為。