第一，減排目標。第一階段（2005-2007年）為試點階段，檢驗歐盟碳排放權交易體系的制度設計，建立基礎設施和碳排放交易平臺。第二階段（2008-2012年）為履約階段，履行《京都議定書》8%的減排目標。第三階段（2013-2020年），預計2020年歐盟碳排放量比2005年降低21%。

第二，排放許可上限。第一階段（2005-2007年）的排放許可上限，由成員國提交國家分配方案，經歐盟委員會批準后確定配額總量。第二階段（2008-2012年）的排放許可上限比第一階段嚴格，也是由各成員國提交國家分配方案并經歐盟委員會批準后確定配額總量。第三階段比前兩階段更嚴格，并每年下降1.74%，取消NAP，有歐盟確定總量。

第三，覆蓋范圍。第一階段（2005-2007年）主要是二氧化碳氣體，約有11?000多個工業設施，包括發電廠、煉油廠、焦爐、鋼鐵廠、水泥廠、玻璃廠等。第二階段（2008-2012年）主要也是二氧化碳氣體。除第一階段的行業外，2012年起，將航空部門納入交易體系。第三階段（2013-2020年）除二氧化碳外，二氧化氮等溫室氣體被納入體系內，同時，行業范圍繼續擴大到化工、合成氨和煉鋁等部門。

第四，交易機制。第一階段（2005-2007年）的交易機制主要是碳交易、清潔能源發展機制。第二階段（2008-2012年）的交易機制包括碳交易、清潔能源發展機制和聯合履約機制。第三階段（2013-2020年）的交易機制和第二階段的交易機制相同。

第五，超標處罰機制。第一階段（2005-2007年）的處罰機制為：如果超額排放，超額部分每標準噸二氧化碳將被處以40歐元的罰款。第二階段（2008-2012年），如果超額排放，則超額排放部分每標準噸二氧化碳將被處以100歐元的罰款。相比第一階段，第二階段的處罰力度更大。