EU ETS覆蓋了歐盟大約45%的二氧化
碳排放。對于溫室氣體排放的類型，最初為了利于機制的設計與執行，僅規定納入了二氧化碳的排放，其他溫室氣體排放的監控只有在其情況允許的條件下才進行。從2013年開始，EU ETS擴展了其排放類型范圍，包括來自鋁制品的全氟碳化物（Per fluorocarbons ,PFCs）和來自化學物品的氧化二亞氮（N2O）。對于行業覆蓋范圍的選擇，EU ETS選擇從最大的污染行業開始。最初，EU ETS的指令規定，EU ETS涵蓋十大行業，具體包括：
電力、供熱和發電、煉油、
鋼鐵、紙漿和
造紙業、建筑材料業（
水泥等）。EU ETS的行業覆蓋范圍也隨著時間擴展：2012年EU ETS將
航空業納入其覆蓋范圍，2013年開始，將鋁制品和基礎
化工生產納入其覆蓋范圍。但是，由于成本效益等原因有些排放較高的行業并沒有納入EU ETS的覆蓋范圍，比如，道路
運輸業、建筑行業、農業、林業和垃圾處理行業等。
針對覆蓋范圍，EU ETS實現了對排放源的直接管制。EU ETS所覆蓋的實體細化到了設施層面，而非其上位的公司層面。同時，為了節約管理成本，EU ETS所覆蓋的絕大多數行業（業務類型）包括了一個門檻，即此前三年中每年的二氧化碳排放量均少于25,000噸的設施將排除在EU ETS覆蓋范圍之外。另外，對于燃燒型設施，還采用了一個35MW的額外閥值。
