歐盟開始以一種更加集中化的方式來執行分配碳配額
在第三階段，歐盟開始以一種更加集中化的方式來執行分配，并且集中在歐盟層面上進行配額分配。國家分配計劃的方式被終止了，取而代之的是國家執行措施（National Implementation Measures ,NIMs）。免費配額的分配是根據基準決議進行計算的，這可以確保配額能夠在歐盟層面以和諧的方式進行分配。所有歐盟成員國和歐洲經濟區——歐洲自由貿易聯盟（European Environment Area-European Free Trade Association ,EEA-EFTA）的國家都需要對分配給他們每個設施的免費配額進行一個初始計算，并且將這些國家的執行措施通報給歐盟委員會。
配額的分配主要以兩種方式進行，即免費分配和拍賣（銷售）。免費分配主要基于兩種方式法進行，即祖父法和基準線法。祖父法是根據歷史排放數據來分配免費的配額；基準線法則為分配設定排放基準線，排放水平將根據類似的技術或者生產過程的某個排放基準進行設定。這兩種免費的分配方法各有利弊，祖父法一般被認為在初始階段可行，因其所面臨的政治阻力較小，并且易于實施。但是，祖父法會導致負面的誘因，即“過去排放較多的實體會獲得較多的配額”。而基準線法則可以避免上述情況發生，并且為高效的實體提供激勵機制，但是對于基準的設定有較高的要求。相對于免費分配，拍賣則不需要歷史排放數據，并且可以排除政治干預。相對而言，拍賣方式公平、透明，但會導致各個實體合規成本增加。
