配額是指排放二氧化碳的權利，每個配額都授予持有者排放一噸二氧化碳的權利。在EU ETS的第一階段和第二階段，成員國被授權在其行業內將配額分配給各個實體。各個成員國需要制定每個實施階段的國家分配計劃（National Allocation Plan,NAP）。歐盟成員國在制定該國家分配計劃的時候享有很大的自主權。國家分配計劃的主要內容包括一個國家的配額總量，分配方法以及分配到每個納入實體的配額等。

由于其特殊的法律和政治背景，歐盟沒有權利批準各個成員國所提交的NAP，但可以審核并且拒絕各個國家分配計劃的內容。在制定國家分配計劃的過程中，歐盟扮演的是一個協調和指導性的角色。在第一階段，在如何制定國家分配計劃方面并沒有官方的指南，歐盟委員會旨在幫助各個成員國彌補各個法律機構和利益相關方之間的知識差距，在ETS的各個指令中只提供非官方的文件來就國家分配計劃的制定提供實際操作步驟，并且提供詳細指南說明歐盟委員會如何解釋ETS指令下的各個評估標準。歐盟委員會于2005年12月（歐盟委員會2005c）發布了針對第二階段的指南文件，并于2006年11月發布了指南更新文件，旨在對各參與國分配計劃的制定提供法律性文件（指南）。這兩個指南以一種在歐盟層面上更加和諧的方式，為各個成員國制定其國家分配計劃提供更加直接的指導。