配額管理工作包括配額分配、配額清繳以及注冊系統管理。

1、配額分配

在確定覆蓋范圍后，省級發改委須根據國家發改委頒布的配額分配方案在本轄區內執行重點企業的配額分配。省級配額分配方法和標準，既可與全國統一標準一致，也可比全國統一標準更為嚴格。如果地方分配標準嚴于全國統一標準，則該地免費配額數量之和將低于其排放配額總量；剩余的配額可由省級發改委用于有償分配。省級發改委應邀請國家的專家對有關負責任人員進行培訓。

除此之外，國家以后的配額分配將逐步由歷史法為主轉到基準法為主，省級發改委應組織本省重點企業研究行業排放先進值，并與全國標準進行比較，以確定本地日后的行業低碳發展路線。

2、配額清繳以及注冊系統管理

省級發改委在碳市場運行期間須維護注冊管理系統，在國家確定的履約截止日期前，須督促本轄區內的重點企業根據經核查的排放數據，通過注冊管理系統上繳同等數量的配額。在這個過程中需要注意ccer在配額清繳方面的使用和限制。

四、培育本地碳市場服務業

省級發改委除了要完成以上三點必要工作外，還需要培育本地碳市場服務業。未來全國碳市場將覆蓋大量企業，僅僅依靠目前已有的第三方機構以及咨詢研究人員遠不能滿足全國碳市場的需求。省級發改委應有意識地培養地方專家團隊以及第三方核查機構，為本地碳市場建設工作提供足夠的支持，同時帶動碳市場服務業和碳金融業的發展。

碳市場建設時間緊迫、任務繁重，對地方政府來說既是挑戰更是機遇。希望各地主管部門能夠將碳市場建設與地方低碳發展有機地結合，順利完成低碳轉型，實現2030年達到排放峰值的目標。