分權(quán)化治理模式指該體系所覆蓋的成員國在排放交易體系中擁有相當(dāng)大的自主決策權(quán)，這是歐盟排放交易體系與其他總量交易體系的最大區(qū)別。其他總量交易體系，如美國的二氧化硫排放交易體系都是集中決策的治理模式。歐盟排放交易體系覆蓋27個主權(quán)國家，它們在經(jīng)濟(jì)發(fā)展水平、產(chǎn)業(yè)結(jié)構(gòu)、體制制度等方面存在較大差異，采用分權(quán)化治理模式，歐盟可以在總體上實現(xiàn)減排計劃的同時，兼顧各成員國差異性，有效地平衡了各成員國和歐盟的利益。

歐盟交易體系分權(quán)化治理思想體現(xiàn)在排放總量的設(shè)置、分配、排放權(quán)交易的登記等各個方面。如在排放量的確定方面，歐盟并不預(yù)先確定排放總量，而是由各成員國先決定自己的排放量，然后匯總形成歐盟排放總量。

只是各成員國提出的排放量要符合歐盟排放交易指令的標(biāo)準(zhǔn)，并需要通過歐盟委員會審批，尤其是所設(shè)置的正式運行階段的排放量要達(dá)到《京都議定書》的減排目標(biāo)。在各國內(nèi)部排放權(quán)的分配上，雖然各成員國所遵守的原則是一致的，但是各國可以根據(jù)本國具體情況，自主決定排放權(quán)在國內(nèi)產(chǎn)業(yè)間分配的比例。此外，排放權(quán)的交易、實施流程的監(jiān)督和實際排放量的確認(rèn)等都是每個成員國的職責(zé)。因此，歐盟排放交易體系某種程度上可以被看作是遵循共同標(biāo)準(zhǔn)和程序的27個獨立交易體系的聯(lián)合體。

分權(quán)化管理模式突顯協(xié)調(diào)機(jī)制的重要性。歐盟委員會發(fā)布的關(guān)于排放交易的諸多指令（如Directive2003/87/EC） 是歐盟排放交易體系的基礎(chǔ)性法律文件，它確定了各成員國實施排放交易體系所遵循的共同標(biāo)準(zhǔn)和程序。各國所制定的排放量、排放權(quán)的分配方案需經(jīng)歐盟委員會根據(jù)相關(guān)指令審核許可后才能生效。此外，歐盟委員會還建立了龐大的排放權(quán)中央登記系統(tǒng)，排放權(quán)的分配及其在成員國之間的轉(zhuǎn)移、排放量的確認(rèn)都必須在中央登記系統(tǒng)登記。

總之，歐盟排放交易體系雖然由歐盟委員會控制，但是各成員國在設(shè)定排放總量、分配排放權(quán)、監(jiān)督交易等方面有很大的自主權(quán)。這種在集中和分散之間進(jìn)行平衡的能力，使其成為排放交易體系的典范。