改革現行的生態環境政府管理體制，建立符合市場經濟和生態文明治理體系的新型生態環境政府管理體制，必須根據公共管理學理論和生態環境系統管理原理，同時遵循污染物—污染源—污染介質統籌、生態環境系統完整性、污染防治和生態保護統籌、國內與國際環境保護統籌等基本理論和原則。

公共管理學理論認為，政府、企業和公眾是生態環境治理體系的三大主體，而政府是生態環境治理體系的主要決策者、監督者和責任者。世界銀行在1997年的《世界發展報告》中，歸納了現代政府5項最基本的責任：①建立國家的法制基礎；②保持國家宏觀經濟穩定；③向人民提供社會和基礎設施服務；④保護社會中的弱勢群體；⑤保護環境和自然資源。因此，作為準公共物品的生態環境保護，政府對其生產、供給、分配和監管都負有責任。當這些公共物品的供給稀缺時，其使用就會產生外部不經濟性，對國家利益和公共福利造成損害。市場本身不具備保護環境的能力，反而常常會引發環境破壞。政府必須承擔起保護環境和自然資源的責任，即使是利用市場手段保護環境，也需要在政府的監督下實施。

生態環境保護管理體制的設置必須要與生態系統的完整性這一內在本質特征相適應。生態系統是生物及其生存繁衍的自然因素和條件的總和，它由多個要素組成，各要素相互關聯、互相影響，形成復雜多樣的結構和功能體系，是一個有機整體，具有系統性、區域性等特點。《中華人民共和國環境保護法》規定，“本法所稱環境，是指影響人類生存和發展的各種天然的和經過人工改造的自然因素的總體，包括大氣、水、海洋、土地、礦藏、森林、草原、野生生物、自然遺跡、人文遺跡、自然保護區、風景名勝區、城市和鄉村等”。因此，組成生態系統的各項環境要素，從山頂到海洋，從自然到人工，不能分割，各要素形成的結構與功能關系不能打破。生態環境保護必須遵循生態系統的特點進行綜合管理，實現要素綜合、職能綜合、手段綜合，形成從山頂到海洋、從天上到地下的一體化管理，將生態環境保護的要求貫穿于生產、流通、分配、消費的各個環節，體現在經濟社會的各個方面。

生態系統是人類賴以生存的基礎，具有物質（能量）屬性和生態屬性。其物質屬性體現為作為自然資源被廣泛開發利用，其生態屬性體現在為人類提供生態服務（包括環境調節、生物多樣性等生態產品），即習近平總書記所說的“良好生態環境是最公平的公共產品”。生態系統的兩種屬性實際上是一體兩用，兩者相互關聯、相互影響。

生態環境保護的目標和任務主要是維護和提升生態系統及其生態服務功能。有兩種過程影響生態服務功能：一是社會經濟活動產生的環境污染，即污染物的化學作用；二是社會經濟活動對生態系統的物理性破壞。當然，也包括其他因素，如物種入侵的生物作用等。因此，生態環保體制的主要職能就是污染防治和生態保護，兩者形成有機整體。嚴格來講，生態保護主要包括保育和修復，這兩者可以是針對不同情況采取的不同措施，亦可為同時使用的措施。因此，保育和修復同屬保護生態服務功能的對策體系，不應分離。但我國生態環保體制是在已有資源管理部門體制構架下建立起來的，導致生態保育與修復職能嚴重分散，人為割裂了生態保護的完整性，造成生態保護與污染防治分離。

同時，在對自然資源開發利用過程中，往往會對生態環境造成破壞。長期以來，自然資源產權不明晰是導致資源過度開發利用、環境污染和破壞，從而造成“公地悲劇”的重要原因。因此，要維持生態服務功能，必須首先明確自然資源的產權，并加強對開發利用活動的監管，從自然資源開發利用的全過程進行審視，建立互相制約又相互協調的體制：一是按照自然資源所有者與管理者分開原則，建立自然資源資產管理體制和自然資源監管體制；二是按照自然資源開發利用與保護分開原則，將自然資源開發利用過程中的環境保護納入生態環保體制，同時，將監管自然資源開發利用的環境保護制度，如空間規劃、生態保護紅線、國家公園等作為源頭嚴防的職能一并納入，建立自然資源監管和生態環境保護管理相統一的體制。

十八屆三中全會提出要“建立和完善嚴格監管所有污染物排放的環境保護管理制度”。監管所有污染物排放，實際是監管所有污染源通過所有環境介質排放的所有污染物。這就是明確提出了維護污染物—污染源—環境介質之間統一性的要求。污染物是指由于人類的活動進入環境，環境正常組成和性質發生改變，直接或者間接有害于生物和人類的物質或能量，如二氧化硫、氮氧化物、氨氮、生化需氧量、持久性有機污染物、光污染、輻射污染等。之所以有污染物，是因為有污染源，污染源是指向環境排放或釋放有害物質或對環境產生有害影響的場所、設備和裝置，包括點源（礦山等）、面源（農業等）、固定源（工廠等）、移動源（車、船、飛機等）。污染物之所以能對環境造成危害，是因為污染源將污染物排放到了環境介質中。環境介質是指傳播污染的載體，包括水體、大氣、土壤等。因此污染物、污染源、環境介質三者不可分割，污染物必由污染源產生，通過環境介質傳播和承載。保護生態環境必須要將三者統籌考慮。

防治污染和保護生態是維護生態服務功能的兩個方面，無論從生態環境的完整性還是系統性，無論從自然屬性還是實踐屬性看，二者都有著必然的內在聯系。環境污染與生態破壞相互影響、密不可分，環境污染會損害生態系統的功能，生態破壞則會加劇環境污染的程度。污染防治與生態保護又相互促進，具有很強的互補性，強化污染防治可以減少污染物排放，減輕生態環境壓力；強化生態保護則可以提高環境自凈能力，擴大環境容量和提升生態環境承載力。從污染防治和生態保護的手段來看，徹底的、系統的污染防治必須是生態健康型的，而且很大一部分手段就是生態保護和修復措施。做好生態環境保護工作，必須將生態保護與污染防治有機結合、統籌考慮，兩者雙管齊下對環境保護起到倍增效果，分而治之則事倍功半。

目前人類正面臨著有史以來最嚴峻的環境危機，并將對未來的人類生存與發展產生深遠影響。在某些環境的解決上，也越來越多地牽涉到國家利益的爭奪，尤其是發達國家與發展中國家之間的利益紛爭。全球性環境問題使國家之間的相互依存日益加深。這種相互依存，一方面演變成各國利益的互補與聯系，促成了國家合作；另一方面也引發了國與國之間的對抗與沖突。為此，國際社會先后在氣候變化、生物多樣性、臭氧層保護、荒漠化、國際水域等領域制定了一系列的環境公約。作為一個政治和經濟大國，中國已經積極地參與到各個公約的起草、談判和履行之中，并在其中發揮著重要的作用。到目前為止，中國已經同近三十個國家簽署了雙邊環境保護合作協議或備忘錄，加入了包括《氣候變化框架公約》、《生物多樣性公約》、《保護臭氧層的維也納公約》和《蒙特利爾議定書》、《聯合國防止荒漠化公約》、《危險廢物跨境轉移的巴塞爾公約》等近三十個國際環境公約。

目前，中國對于國際環境公約的履約管理以及相應環境問題的管理工作已經具備了一定的法律和政策基礎，也積累了一定的經驗。但是由于中國的履約管理按照各部門的管理職能由各部門分工負責，部門之間存在著眾多難以在短時間內調和的利益紛爭，也存在著一定的職能沖突和矛盾，因此，各部門在全球環境問題管理中如何相互協調是一個十分現實的問題。這種協調工作雖然原則上應該由環境保護部來進行，但是由于環境保護部在國家各部委現有的地位因素，以及其協調上職能設置的不完善和相應管理能力的欠缺，相對國內環境保護問題協調，環境保護部在國際環境保護部門協調上能夠發揮的作用也十分有限，使其成為我國“四大尷尬部門”之一。