在自然保護區管理方面，我國也做出了積極的探索，取得了顯著成效。

一是建立了適合我國國情的自然保護區管理體制。我國自然保護區管理實行環保部門綜合管理、林業、農業、國土、海洋等有關部門分工負責，行業指導和屬地管理相結合的體制。環保部門負責制定自然保護區發展規劃、政策、法規和標準，對各級各類自然保護區進行監督；林業部門負責林業系統自然保護區的監督管理，具體指導森林、濕地、荒漠和陸生野生動物類型自然保護區的建設和管理；國土資源部門監督管理古生物化石、地質遺產自然保護區；農業部門監督管理草原、水生生物類型自然保護區；海洋部門監督管理海洋和海岸類型自然保護區。

二是形成了比較完善的自然保護區分級管理機制。自然保護區分為地方級（縣、市、省級）和國家級，實行自下而上的方式建立，各級自然保護區由同級人民政府批準設立。為提高國家級自然保護區設立和調整的科學性，環境保護部根據國務院授權組建跨部門、跨學科的國家級自然保護區評審委員會，制定了委員會組織和工作制度、評審標準等，對申請新建國家級的自然保護區進行審查，提出審批建議，報請國務院審批。認真落實國務院印發的《國家級自然保護區調整管理規定》，嚴格國家級自然保護區調整，否決了一批自然保護區調整申請。目前，各省、自治區、直轄市均已參照國家級自然保護區評審委員會的組成模式，建立了省級自然保護區評審委員會，規范各級自然保護區建設和管理工作。

三是初步建立起自然保護區法規政策體系。1994年，國務院頒布實施《中華人民共和國自然保護區條例》，確立了我國自然保護區的法律地位。國務院辦公廳分別于1998年和2010年做出關于加強自然保護區工作的通知，印發了《國家級自然保護區調整管理規定》等，推動自然保護區發展。環保部門制定了《國家級自然保護區監督檢查辦法》、《自然保護區類型與級別劃分原則》、《自然保護區生態環境監察指南》等部門規章和標準，強化綜合監管。林業部門制定了《森林和野生動物類型自然保護區管理辦法》，農業部門制定了《水生動植物自然保護區管理辦法》，海洋部門制定了《海洋自然保護區管理辦法》，國土部門制定了《自然保護區土地管理辦法》和《關于建立地質自然保護區的規定》等相關規章制度。黑龍江、內蒙古、浙江等24個?。▍^）制定了自然保護區管理法規，200多個自然保護區制定了管理條例或管理辦法。1997年經國務院同意，原國家環保局和國家計委聯合印發《中國自然保護區發展規劃綱要（1996~2010年）》，2010年國務院審議通過《中國生物多樣性保護戰略與行動計劃（2011~2030年）》，為我國自然保護區發展起到了重要推動作用。

四是強化自然保護區監督管理。為加強自然保護區監督管理，環保部門制定了《國家級自然保護區監督檢查辦法》，自2008年以來，利用衛星遙感技術，建立了“天地一體化”的自然保護區監控體系，對所有國家級自然保護區開展了人類活動遙感監測和實地核查，基本摸清了國家級自然保護區人類活動的分布狀況，查處了一批違法違規案件。2015年，環境保護部聯合發改、財政、國土、住建、水利、農業、林業、中科院和海洋9個部門印發了《關于進一步加強涉及自然保護區開發建設活動監督管理的通知》，并聯合開展了全國自然保護區開發建設活動專項檢查。林業局印發了《關于征用、占用自然保護區林地采伐林木有關問題的通知》，農業部制定了《建設項目對國家級水生生物自然保護區影響專題評價規范》，海洋局印發了《關于進一步加強自然保護區海域使用管理工作的意見》和《關于進一步規范海洋自然保護區內開發活動管理的若干意見》，國土資源部印發了《關于認真做好國家級自然保護區劃界立標和土地確權等工作的通知》等。環境保護部聯合國土資源部、水利部、農業部、林業局、中科院和海洋局，建立了國家級自然保護區管理評估機制，對400多處國家級自然保護區開展了管理評估，促進了管理水平的提高。

五是加強自然保護區管理基礎工作。2010年，在財政部的支持下，環境保護部實施了第一次全國自然保護區調查與評價項目，目前已完成31個省份2000多個自然保護區的調查工作，建立了基礎調查數據庫和地理信息系統，基本掌握了全國各級自然保護區建設管理現狀；組織開展了中國生物物種資源調查和編目，與中科院聯合發布了《中國生物多樣性紅色名錄—高等植物卷》和《中國生物多樣性紅色名錄—脊椎動物卷》。林業局組織開展了第二次全國野生動植物資源調查和第四次大熊貓調查，農業部開展了長江上游珍稀特有魚類國家級自然保護區資源與環境綜合調查等工作。這些工作為制定自然保護區發展規劃和制定政策措施提供了依據。