我國自然保護區事業是在“搶救性保護”的方針指導下逐步發展起來的，在取得巨大成績的同時，自然保護區建設管理中仍存在生物多樣性保護存在空缺，保護質量不高，保護與開發矛盾日益顯現，資金投入機制不健全，生態補償政策不完善等一些困難和問題，一定程度上影響了自然保護區事業的健康發展。今后應在搶救性保護的基礎上，全面實施系統性保護工程，提高保護工作的精細化、系統化、科學化水平。

統籌全國自然保護區發展。啟動第二次全國自然保護區調查與評價項目，開展自然保護空缺分析、現狀評價和保護有效性調查。盡快編制并報國務院審批發布全國自然保護區發展規劃，為今后自然保護區發展提供指導。在一些生物多樣性豐富、生態功能重要、生態環境脆弱的區域建立保護區或提高保護級別。加快中東部地區自然保護區建設步伐，擴大保護區面積。要將河湖、海洋、草原生態系統、小種群和自然遺跡的保護作為新建自然保護區的重點。

健全自然保護區投入機制。國家級自然保護區建設和管理屬中央事權。應逐步理順國家級自然保護區資金投入機制，將國家級自然保護區運行管理經費全部納入中央財政預算；在“中央對地方國家重點生態功能區轉移支付辦法”中明確國家級自然保護區運行管理經費支出渠道。在保障運行經費的基礎上，加強機構和人員建設，積極開展生態監測、科學研究、宣傳教育和監督管理等工作，大力提升管護水平，提高保護質量。

加強自然保護區監督管理。進一步完善自然保護區“天地一體化”監控體系，建立長期監測和重點監控相結合的常態化運行機制，防范各種人類活動對保護區侵占和蠶食。嚴格執行《國家級自然保護區調整管理規定》，堅決抑制隨意調整自然保護區范圍和功能分區，確保自然保護區面積和功能穩定。定期開展自然保護區專項執法檢查和管理評估，研究建立涉及自然保護區建設項目事中事后監督機制，嚴肅查處保護區內各類違法違規行為，完善責任追究制度，依法追究相關人員的責任。

完善生態補償土地權屬政策。研究制定自然保護區生態補償政策，加大一般性財政轉移支付力度，確保自然保護區所在地區的居民生活水平不因自然保護區建立而降低。研究制定自然保護區土地權屬政策，通過收購、租賃等方式，確保保護區管理機構在保護區土地權屬中的主體地位，強化對保護區土地使用的管制。建立自然保護區社區共管機制，探索適合我國國情的保護區周邊居民參與保護區管理和利益公平分享的模式，有效緩解和消除社區矛盾，實現自然保護區持續發展。

作者單位均系環境保護部南京環境科學研究所