簽發后的ccer在國家登記簿業主的一般持有賬戶內。國家登記簿會為項目業主同時開設兩個賬戶，一是一般持有賬戶，二是交易賬戶。一般持有賬戶用于證明對CCER的持有，實現CCER到交易賬戶轉移，以及清繳注銷等功能。交易賬戶主要是與交易所連通，實現從交易賬戶轉移到交易所進行市場交易的功能。

交易賬戶可與北京環境交易所、天津排放權交易所、上海能源環境交易所、廣州碳排放權交易所、深圳碳排放權交易所、湖北碳排放權交易中心、重慶聯合產權交易所、四川聯合環境交易所、海峽股權交易中心等9家交易所連通，在需要轉入的交易所開設賬戶綁定即可完成CCER轉出到相應交易所進行交易。