怎么打破部門間利益藩籬？
對生態保護紅線統籌規劃、分類管理，并不斷調整完善界定和管理辦法
目前，我國生態環境的管理仍是按照環境要素進行劃分的，生態環境的保護涉及環保、國土、水利、農業、林業、海洋等生態系統管理部門、經濟社會發展部門等多個部門。這種分部門、分區域的管理模式使得生態紅線缺乏統一的管護標準和制度，也增加了生態紅線制度實施的難度。
劃定生態紅線，必須有配套的制度體系，建立完善的約束和激勵機制，充分發揮地方生態保護的積極性，生態保護紅線才能真正“落地”。
正如歐陽志云所言：“生態紅線不能盲目劃定，應該考慮多部門聯合。由于缺乏系統的生態保護紅線界定方法，需要對生態保護紅線統籌規劃、分類管理，并不斷調整和完善界定和管理辦法。”
與國土規劃、土地利用規劃、城鄉規劃等規劃進行有效銜接也是生態保護紅線能否“落地”的關鍵因素之一。
歐陽志云認為，應該在國土規劃、土地利用規劃、城鄉規劃等空間規劃中，明確劃定生態保護紅線，從規劃層面強化生態保護紅線劃定的重要地位，從土地利用規劃角度保障和強化生態保護紅線區域內的生態保護。
他建議，應該在現有的土地利用規劃體系中，增設生態用地類型，形成包括農業用地、建設用地、生態用地與未利用地4個類型的新土地利用規劃分類體系，并將生態用地作為確定生態保護紅線的依據和協調不同部門生態保護紅線用地的基礎。
同時，在協調海洋各類戰略性規劃的基礎上，通過海洋生態功能區劃和海洋其他空間規劃，來確定海洋生態保護紅線。
目前，自然保護區、風景名勝區、森林公園、地質公園、世界文化自然遺產、重要濕地及飲用水水源保護區是生態紅線劃定的基礎。對于上述敏感區域，國家已出臺相關的管理規定，但劃分上述區域時，并沒有考慮到范圍內的礦產資源分布及國道、省道公路建設情況。
隨著我國
交通工程的發展，在對現有國道、省道等公路進行升級改造時，常常出現部分路段位于上述敏感區域內，甚至位于核心區的情況，而按照國家相關規定，自然保護區核心區內禁止從事與保護無關的建設活動，這與相關敏感區的劃分存在矛盾，需要對保護區進行調整。
針對此類情況，專家在討論中認為，在進行生態紅線劃定時，應與交通、國土、林業、水利等部門綜合協調，在擬定紅線范圍內的公路樁界兩旁預留緩沖區域內，可以進行公路擴建工程建設。
同樣，在劃定生態保護紅線之前，應與國土部門、水利部門協調，全面了解劃定范圍內礦產資源分布及總體規劃、水利資源開發利用規劃等情況。對于擬定生態紅線范圍內的礦產資源和水利資源開發活動必須加以限制。
