無害化包含兩層含義，一是生活垃圾處理設施應具備無害化處理的能力，二是設施實際運行過程能夠實現水和空氣污染物連續達標排放以及符合衛生標準。

《報告》指出，2006-2012 年城市生活垃圾無害化處理能力（用城區的無害化處理率表達）逐年提高，2012 年已達 93.43%，但若考慮市轄區的農村部分，則無害化處理率均值僅為62.02%，可以說其余接近40% 的垃圾（主要指農村的垃圾）沒有收集或收集了只是簡單堆放，尚未進行無害化處理。而且由于目前衛生填埋場和焚燒廠的廢水、廢氣等污染物排放達標信息沒有公布，不足以證明連續達標排放，滲濾液的超標排放也常見諸報道。無害化處理水平在城市間差異較大，一些末端處置支出很低的城市，超標排放的可能性較高。由于生活垃圾管理普遍由城市政府負責，環保監管存在部分失靈的問題。

此外，《報告》指出，生活垃圾的簡單填埋仍占一定比例。2012 年，全國有數據的地級及以上城市生活垃圾簡單填埋量為814.1 萬噸，占垃圾清運量的 6.59%。而簡單填埋并非無害化處置，產生的大量滲濾液不處理直接排放將污染地下水和土壤。