呂忠梅：環保稅應該遵循稅收法定、稅收公平、稅收效率的基本原則。對于納稅人而言，所有稅負應有總額控制，在新增環保稅的同時，應對現有稅進行減量或撤銷，實現總稅負不變。如果說環保稅是保護環境的必要轉移支付手段，只有進行稅收結構優化，才能真正達到這個目的。

葛察忠：環境保護稅法遵循的基本原則可以歸納為以下幾點。一是重在調控。征收環境保護稅，首要目的不是取得財政收入，而是使污染者和破壞生態者承擔必要的污染治理與環境損害修復成本，引導企業生產經營行為，減輕環境污染和生態破壞。二是正稅清費。三是合理負擔。兼顧發揮調節功能和納稅人實際承受能力，綜合考慮現行排污收費標準、污染治理成本和環境損害修復成本之間的關系，合理確定環境保護稅的稅負水平。四是有利征管。科學設計環境保護稅的征管方式，力求簡便易行，加強環保部門和財稅部門配合，明確相關部門的法律責任，堵塞征管漏洞，降低稅收征納成本。

秦天寶：環保稅首先應當堅持污染者負擔原則。當然，這只是就排污行為課稅而言，如果是對于污染產品征稅，我們還需要考慮使用者負擔的問題。這可以引申出環保稅的另一個原則，控制和減少污染（保護環境）的原則。

不過，環保稅在我國現行的稅制體系中，可能是唯一一個財政功能有意逐步弱化的稅種。如果這個稅種像其他稅種一樣每年要求有一定的收入增長幅度，那么它至少在相當程度上意味著作為課稅對象的污染行為需要每年保持一定幅度的增長，這顯然與開征環保稅的政策初衷是背道而馳的。

還有一個必須注意的原則就是有利征管或者便于征管。稅務機關的功能定位是課稅而不是環境保護。因此，對于環保稅來說，一個高效的征管機制不可或缺。這其中，環境保護行政主管部門的定位及其作用的發揮極為關鍵。