碳匯交易是將能夠產生碳匯的生態產品通過碳信用轉換成溫室氣體排放權，以獲得生態補償的市場化手段。通過碳匯交易能夠實現生態保護行為的貨幣化激勵，并保障減排行為能夠始終發生在邊際效益最大的區域。相比于海洋碳匯，由于計量與評估較為簡便，森林碳匯已成為《京都議定書》中代替二氧化碳減排的主要方式。根據《京都議定書》，發達國家可以通過技術援助、資金支持的形式在發展中國家建設森林碳匯項目。

目前，中國已獲得聯合國清潔發展機制執行理事會簽發的清潔發展技術計劃（CDM 計劃）項目共計 1 557 項，在全球總的 CDM 計劃項目簽發量中占比最大。由于我國還是發展中國家還無須承擔強制碳匯幫扶任務，我國的減排交易實踐主要以基于碳配合的交易為主。

海洋碳匯的作用已經在海洋微生物沉降、濱海濕地等多個方面形成國際共識。海洋碳匯與森林碳匯的交易是碳配額交易的一個重要補充。通過將海洋碳匯交易納入碳排放交易體系，可完善國內碳排放交易市場，推動國內海洋碳匯能力建設，使我國碳實力得到進一步提高；進而，隨著國際碳排放談判格局的變化，將海洋碳匯交易推向國際范圍。

與碳配額交易的方式不同，海洋碳匯交易的基礎需要建立在由國家推出的統一基金的基礎上。在配額交易中，交易主體為產生碳排放的生產企業。通過事先確定配額，企業基于各自生產中的排放情況，選擇進行交易的價格與交易對象，而海洋碳匯的交易需要對相應項目實際產生效果進行較長時間的追蹤并進行估計。