海洋碳匯需要將碳的吸收建立在健康海洋生態基礎之上，相比于陸地生態系統，海洋生態系統的健康性評估難度更大，生態系統規律更具有隱蔽性，生態系統遭到破壞的程度更顯著，許多區域的海洋生態系統正在快速萎縮甚至消失。隨之而來的是海洋生態系統碳匯作用減弱，平均每年有 2%—7% 的海洋碳匯消失，而且速度已經在顯著加快。海洋碳匯的發展模式需要以海洋生態修復為基礎，以可持續發展為目標，并結合海洋科技與產業的現狀，構建一體化海洋環境治理體系。