環境保護領域改革進入深水區，受到體制機制制約加劇。環境保護的執政理念不斷深化，日益成為國家意志，生態文明引領新的價值觀加速轉變，但經濟社會環境問題日益交織，法規、體制、機制、制度、政策“綠化”尚未形成，環保系統承受的要求與其支撐能力、調控手段存在一定差異，在夾縫中負重前行成為一種環保工作新常態。

環境管理交叉錯配現象嚴重，多頭管理問題突出，職能交叉，執法主體和監測力量分散，統一的生態環境管理體制改革關系到多個部門職能權利，調整難度大。國家層面的53項主要生態環保職能中，40%在環保部門，60%分散在其他9個部門。在環保部門承擔的21項主要職責中，與其他部門交叉的占48%。環境保護缺乏有效的監督制約機制，國家環境保護的政策法規在少數地方得不到堅決有效執行，一些地方保護主義尚未得到有效根治。環境監管力量與日益繁重的環保任務不相適應。環境管理手段落后，保障條件不夠，治理能力不足，“小馬拉大車”現象還比較普遍。