電力市場與碳市場的協同發展是一項復雜的系統工程，核心難點之一在于關鍵制度要素設計如何與我國東西部不同區域發展程度、資源稟賦的差異性特征相協調，從而實現效率與公平的有機統一。比如，我國東西部省區資源稟賦條件、發用電情況、經濟發展水平及電價承受能力等差異較大，電力市場化建設必須兼顧市場效率與經濟公平，妥善處理好東西部利益調整、分配問題。再比如，我國各試點省份碳市場建設時間不同，控排力度也不同，高排放企業可能不積極開展節能減排，而將生產轉移到控排力度小的西部省份，引發“碳泄漏”效應，這需要厘清我國多層級碳市場體系中各個碳市場的地位、關系和作用，逐步向全國統一市場過渡。