EU ETS是歐盟實現《京都議定書》減排目標的重要手段，該減排目標采用絕對數量的形式。基于總量—交易模式，EU ETS的減排目標也采用具體的排放總量形式。換言之，EU ETS覆蓋行業獲允許的排放總量將在排放交易之前被設定。

    由于指令2009/29/EC對EU ETS總量設定方式進行了根本性修訂，2013年以后的總量設定權限從成員國轉移到歐盟[3]，從而將EU ETS的目標設定方式區分為兩種模式。第一種模式是涵蓋前兩個交易階段(2005~2012)的分散決策模式，總量目標主要通過各成員國的國家分配計劃(National Allocation Plan，以下簡稱NAP)設定。第二種模式是將從2013年開始實施的集中決策模式，歐盟委員會直接設置覆蓋歐盟范圍的總量目標。換句話說，從2005年至2012年是一個高度分散的方式，成員國享有充分的自由裁量權進行政策選擇，而2013年后是一個更加統一的方式，成員國的自由裁量權將被極大縮減，必須執行歐盟的相關決定[4]。

    1.分散決策模式(2005~2012)。在前兩個交易階段(2005~2012年)，EUETS被認為是一個相當分散的模式，除了歐盟委員會的一些決定外，充分的自由裁量權由成員國保留，尤其在關系到執行歐盟委員會決定的事項上更是如此[5]。在前兩個交易階段，成員國有權對位于其境內的參與排放交易的行業設定碳減排目標。原來的指令2003/87/EC本身并沒有對歐盟設置一個排放總量的目標上限[6]，與此相反，EU ETS的整體排放總量等于各個成員國決定的總量目標之和。

    在這種分散決策模式下，EU ETS的總量目標通過各個NAP設定，其內容和程序規定在指令2003/87/EC的第9至11條及附件三中。根據指令2003/87/EC第9條規定，各成員國必須制定NAP，以便確定“位于其境內的參與排放交易的所有裝置的碳排放總量，以及在第一、二交易階段將要分配給每個裝置的排放配額數量”；NAP的制定應基于客觀、透明及附件三所列的標準，適當考慮、采取公眾意見；在指令規定的適當時間內，成員國應將NAP公布并通知歐盟委員會和其他成員國，NAP將由一個特別委員會進行審議；在評估NAP后，如果該計劃與附件三所列標準或第10條規定不符，歐盟委員會可以拒絕該計劃；如果歐盟委員會決定全部或部分拒絕NAP后，應當對拒絕原因進行解釋。相關成員國應提出新的修訂方案，在歐盟委員會同意后方能作出最后的國家分配決定⑦。

    然而，歐盟委員會對NAP的拒絕權與成員國制定NAP的自主權之間存在著緊張關系[5]。在實踐中，歐盟委員會評估并拒絕了很多NAP。例如，在第二交易階段(2008~2012)10個成員國提交的第一批NAP中，僅英國的NAP被接受，其他9個成員國的NAP均被歐盟委員會在2006年11月29日作出的決定予以拒絕⑧。此外，歐盟委員會在其決定中顯著地“削減”了某些成員國的總量目標[6]。歐盟委員會要求這些成員國對總量目標進行絕對數額或相對比例的削減，如被削減數額最大的是德國，達到其計劃的總量目標的6％，而削減比例最大的是拉脫維亞，削減幅度達到56％[7]。值得注意的是，大多數被歐盟委員會要求大幅削減配額總量的成員國是新加入的東歐成員國，這主要因為歐盟委員會認為他們的總量目標超過了經核實的2005年排放水平。因此，很多來自東歐的成員國就歐盟委員會關于NAP的決定向歐盟法院提起訴訟，大量案件在前兩個交易階段涌現，如斯洛伐克訴歐盟委員會、波蘭訴歐盟委員會、捷克共和國訴歐盟委員會、匈牙利訴歐盟委員會、愛沙尼亞訴歐盟委員會、拉脫維亞訴歐盟委員會、立陶宛訴歐盟委員會、羅馬尼亞訴歐盟委員會等。

    2009年9月，法院認為歐盟委員會并沒有遵循正當程序并超出其權力范圍，波蘭和愛沙尼亞在案件中獲得勝訴⑨。在波蘭訴歐盟委員會一案中，原訟法院(Court of First Instance，現更名為General Court，即普通法院)在2009年9月23日作出判決，廢止歐盟委員會關于波蘭NAP的決定。歐盟委員會向歐盟法院(Court of Justice of the European Union)提起上訴，但在2012年3月被法院正式駁回⑩。法院支持了這些成員國的訴求并廢止了歐盟委員會關于這些成員國NAP的決定，主要原因在于法院認為歐盟委員會超出了其在NAP制定過程中的權限。而且，這些案件的訴訟結果，在某種程度上又促使歐盟委員會與成員國在EU ETS的立法修訂中轉向另一種決策模式。

    2.集中決策模式(2013~2020)。在2009年修訂EU ETS指令時，歐盟委員會建議采取一種更加集中和統一的總量目標設置方式以取代上述分散決策模式。與第一種分散決策模式中由各成員國在NAP確定各自總量目標從而決定最后的EU ETS總量目標相反，第三個交易階段(2013~2020)的總量目標將由歐盟集中決定。

    從2013年開始，一個歐盟層面的EU ETS總量目標將被設立，從而確定每年向EU ETS覆蓋行業發放的排放配額總量(11)。因此，NAP或者成員國針對總量目標設定的相關決定將不復存在，總量目標的決定權限也從成員國轉移到歐盟。由于EU ETS總體減排目標的實現責任將被轉移到歐盟并要求所有EU ETS管轄行業共同行動，只有實施EU ETS規則的活動將繼續停留在成員國水平[8]。換句話說，由于總量目標設定方式在歐盟層面上得到統一，相應的權力將從成員國轉移到歐盟(主要由歐盟委員會代表)，成員國將失去設定國家總量目標的自由裁量權，成員國對位于其境內裝置實施更為嚴格的總量目標的可能性也隨之喪失[9]。而且，由于EU ETS的總量目標由歐盟委員會單獨依法設定，成員國不能再制定NAP以決定各自總量目標，只能根據歐盟統一的分配方式對其境內的排放裝置分配配額。因此，EU ETS在第三交易階段的總量目標設定程序與分配程序將得以區分，并由歐盟委員會與成員國分別負責。